국가 미래 과학기술을 선도하는 창조적 원천기술의 연구개발과 기초 · 응용과학의 연구를 추진하고 있는 교육과학기술부 기초기술연구회 소관의 정부출연 연구기관이다.
1966년 2월 한국과 미국 양국 정부의 지원을 받아 한국과학기술연구소(KIST)가 설립되었다. 1970년대를 거치면서 한국과학기술연구소를 모델로 한 분야별 정부출연 연구기관이 연이어 설립되면서 정부의 지원으로 설립 · 운영되지만 자율적 운영을 위해 법적으로는 재단법인 형태를 갖춘 정부출연 연구기관은 한국의 대표적인 연구체제로 자리 잡았다.
1981년 1월 이공계 특수대학원인 한국과학원(KAIS)과 통합되어 한국과학기술원(KAIST)이 되었으나 1989년 다시 분리되어 한국과학기술연구원(KIST)으로 재발족했다. 1996년 독일, EU, 동구와의 기술교류 및 공동연구 거점 확보를 위해 KIST유럽연구소를 설치했으며, 2003년 강릉분원과 2008년 전북분원을 설치했다. 2008년 교육과학기술부 기초기술연구회에 소속되어 현재에 이르고 있다.
설립 초기 KIST의 역할은 산업계에 대한 기술지원과 선진기술의 모방 및 추격연구였으나 2000년대에 들어와 융 · 복합 미래원천기술 연구를 주 기능으로 삼으면서 장기 · 대형 · 융복합에 기반한 프론티어형 연구와 글로벌 아젠다형 연구에 주력하고 있다. 주요 연구성과로 비디오테이프용 폴리에스터 필름, 고분자형 3세대 항생제, 공업용 인조다이아몬드, 광섬유, 고성능 리튬폴리머전지, 신약물 전달체제, 휴먼 로봇시스템 개발 등을 들 수 있으며, 1988년 서울올림픽 개최시 참가 선수들의 도핑 테스트 실시와 올림픽경기 종합전산시스템 구축으로 대회의 성공적인 개최를 지원한 바 있다.
2000년대에 들어와 의료복지기술, 정밀소재 공정기술, 정보산업용 신기능 소자, 3차원 영상매체기술, 휴먼 로봇 시스템 등 미래지향적인 5대 과제를 중심으로 수행하고 있다. 또한 산업계에서 필요로 하는 핵심과학기술 인력 양성을 위해 1991년부터 학 · 연 협동연구 석 · 박사 과정을 운영하여, 2011년 2월 기준으로 석사 1,461명, 박사 377명 등 총 1,838명의 졸업생을 배출했다.
2011년 현재 연구직 474명, 기술직 36명, 행정직 62명, 기능직 124명 등 총 698명의 인력이 있으며, 여기에 위촉연구원, 학연생, 외국인연구원 등 유동인력까지 포함하면 총 2,200여명이 근무하고 있다. 원장 아래 부원장, 뇌과학연구소, 의공학연구소, 기술정책연구소, 강릉분원, 전북분원, KIST유럽연구소 등을 두고 있으며, 부원장 아래 미래융합기술연구본부, 국가기반기술연구본부, 연구기획지원본부, 기술사업본부, 대외협력본부, 경영지원본부, 안보기술개발단 등의 조직을 갖추고 있다.
첫 번째 정부출연 연구기관으로 한국의 현대적 과학기술체제 형성의 촉매 역할을 담당했으며, 다양한 과학기술 연구개발 활동을 통해 국가 · 사회발전을 견인해 왔다.