1946년 개성에서 한국순교복자수녀회를 창설한 방유룡 신부는 곧 이어 남자 수도회를 창설하려 하였으나 6·25전쟁으로 뜻을 이루지 못하다가 휴전 후 자신이 사목을 담당하고 있던 제기동본당에서 5명의 회원과 함께 이 수도회를 창설하고 1956년 12월에 교황청으로부터 정식 인가를 받았다.
이 수도회의 창설이념은 순교자적 정신의 실천으로 더 완전한 신앙생활, 더 완전한 구원에의 참여, 자아의 성화(聖化)와 이웃의 성화에 노력하면서 하느님의 사업에 동참한다는 데 있다.
창설 이듬해인 1954년 5월, 명동성당의 부속건물을 빌려 임시 수도원으로 사용하다가 다음해 7월에는 서울 성북동 현 위치에 본원을 건립하고 입주하였다.
이 해 수도회에서는 노기남(盧基南) 주교의 집전 아래 첫 서원미사를 봉헌하게 되었는데, 이 자리에서 노기남 주교는 한국 교회의 순교 사적지인 새남터[沙南基] 관리를 이 수도회에 위임하였다.
그 뒤 방유룡 신부와 회원들은 시유지였던 이곳에 가건물을 짓고 공민학교를 운영하였으며, 1969년에는 그 부지의 소유권을 서울시로부터 인정받게 되었다.
이에 다음해부터 새남터를 본격적으로 개발하기 시작하였으나 재원의 부족으로 어려움을 겪었다. 1971년에 개원한 복자유치원의 운영권도 한국순교복자수녀회에 위임하게 되었다.
그러면서도 이 수도회에서는 지방 분원 설립을 계속 추진한 결과 1959년 8월부터 제주도 서귀포에서 밀감농장을 운영하기 시작하여 1976년에는 이곳에 피정의 집을 개원하였다. 그리고 1961년에는 인천 만수동에 진출하였고, 1969년에는 경기도 이천에 분원을 설치하여 농장과 회원들의 공원묘지도 조성하였다.
뿐만 아니라 1964년에는 첫 종신서원식을 가졌고, 1965년에는 첫 사제를 배출하였으며, 1967년에는 수련소 겸 본원 건물을 신축하였다. 그러던 중 1981년 8월 새남터 분원이 정식 본당으로 승격되면서 순교사적지 개발에 다시 박차를 가하게 되었다. 1987년 9월에는 마침내 순교자 기념 성당을 완공, 축성식을 거행하게 되었다.
그 뒤 이 수도회에서는 1990년 이천 분원에 성안드레아신경정신과병원을 개원하고, 1993년에는 정신지체자들을 위한 양주의 인지의 집을 인수하였으며, 신학원을 개원하는 한편 본당사목 · 교육사업 · 출판사업 등을 전개하고 있다. 현재 총장 신부 방학길(方學吉, 마르첼리노)과 39명의 신부 · 수사 회원들이 활동하고 있다.