원자력에 대한 연구·개발을 통해 학술의 진보·발전과 원자력의 생산·이용을 원활하게 하기 위해 설립된 교육과학기술부 기초기술연구회 소관의 정부출연연구기관이다.
원자력 발전을 위한 연구 및 사업을 수행하며 원자력의 안전성 확보 및 방사성 동위원소의 생산·보급, 원자력정책 수립 지원을 통해 공공복지·국민안전에 기여한다.
1959년 대통령 직속기관으로 원자력원이 출범했고 그 산하에 원자력연구소가 설립되었다. 1973년 방사선의학연구소, 방사선농학연구소와 통합되어 과학기술처 산하의 정부출연연구소인 한국원자력연구소로 새롭게 출범했다. 1980년 한국핵연료개발공단과 통합되어 한국에너지연구소로 명칭이 변경되었으나 1989년 한국원자력연구소로 명칭이 환원되었다.
1990년 한국원자력안전기술원이 분리되었고, 1996년 원자로계통 설계 사업, 핵연료사업, 방사성폐기물 사업을 산업체로 이관했다. 2004년 한국원자력통제기술원이 분리되었고, 2006년 정읍 방사선과학연구소를 설치했으며, 2007년 원자력의학원이 분리·독립되는 한편 한국원자력연구원으로 개칭했다.
연구원은 원자로 핵연료주기 연구개발 및 원자력이용 신에너지기술 연구개발, 의학, 농업, 공업, 식품 생명과학 등 방사선 응용과학 연구개발, 가속기, 양자광학, 연구로 이용기술 등 원자력 기초기반기술 연구, 원자력 정책연구 및 원자력기술정보의 수집, 원자력 관련 대형연구시설 개발·운영, 원자력설비 및 환경 안전성연구 개발 등을 주요 기능으로 한다.
주요한 연구성과로는, 중수로 핵연료 국산화, 경수로 핵연료 국산화, 연구용 원자로 하나로 자력 설계·건조, 한국표준형원전 개발, 방사성 의약품 신약 밀리칸주 개발, 일체형 원자로 SMART 기본설계 완료, 지르코늄 신합금 핵연료 피복관 개발, KALIMER-600 개념설계 완료, 열수력 종합효과실험장 ATLAS 구축, 요르단 연구용 원자로 건설사업 수주, 냉중성자 연구시설 구축, 대용량 선형 양성자 가속기 개발 등을 들 수 있다.
2011년 3월 현재 1,172명의 정규직 인력에 비정규직 588명이 근무하고 있으며, 원장 아래 전략사업부원장, 연구개발부원장, 원자력정책개발본부 등을 두고 있으며, 전략사업부원장 아래 스마트개발본부, 연구로이용·개발본부, 원자로시스템기술개발본부, 핵연료주기기술개발본부가 있으며, 연구개발부원장 아래 원자력안전연구본부, 핵연료·원자력재료개발본부, 정읍방사선과학연구소, 융복합기술개발단 등의 연구조직을 갖추고 있다.
연구원은 원자력 관련 기술수준 제고와 국가 경쟁력 향상에 크게 기여했다.