한국육종학회는 1969년 11월 8일 서울특별시 성북구 공릉동 215-4번지에 있는 원자력청 방사선농학연구소에서 창립하였으며, 그해 12월 29일 『육종학회지』 제1호를 발간하였다. 1976년 3월 개최한 이사회에서 학회 사무실을 경기도 수원시에 있는 서울대학교 농과대학으로 이전하기로 결정하고 수원 시대를 열었다. 2003년 경기도 수원시 권선구 서둔동 농촌진흥청 작물과학원으로 학회 사무실을 이전하여 현재에 이르고 있다. 2007년 학회의 사단법인화를 추진하여 사단법인 한국육종학회가 되었다.
1980년에 『육종학회지』를 『한국육종학회지』로 학회지 체제를 변경하였다. 1989년에 학술 발표회 시기를 5월과 10월로 변경하여 회원들의 참여를 독려하였다. 1999년부터 『한국육종학회지』에 육성 품종 기고를 신설하여 국내에서 육성된 품종을 학회지에서 소개하였다. 2013년에 한국육종학회 영문 학회지인 『Plant Breeding and Biotechnology』를 창간하기로 하고, 그해 영문 저널 홈페이지(http://www.plantbreedbio.org)도 개설하였다. 2014년에 세계적인 추세에 맞추어 학회지의 인쇄물 발송을 중단하고 전자저널로 전 회원에게 발송하였으며 별쇄본 발행도 중지하였다. 또한 2018년에 영문 학술지 『Plant Breeding and Biotechnology』가 SCOPUS 등재지로 결정되었다고 통보받은 이래 SCI 등재를 목표로 지속적으로 우수 연구 성과를 발표하고 있다.
한국육종학회의 정회원 자격은 육종에 관련된 연구에 종사하고 있는 자이며, 2024년 현재 회원 수는 일반 회원 1,232명[정회원 800명, 학생 회원 432명], 기관 회원 10명, 해외 회원 12명을 포함한 총 1,254명이고, 사무실은 국립식량과학원 중부작물부 내에 있다.
한국육종학회는 1969년 12월 29일 학회지 제1호를 발간한 이래 1974년까지 연간 1~2회 발간하였으나, 논문 발표 수의 증가에 따라 1975년부터 발간 회수를 연 4회로 늘렸다. 2000년 이후 학회지의 질적 향상을 도모하고 학회의 국제화를 적극적으로 추진한 결과 2005년 9월에 국제적 과학 논문 검색지인 CABI에 등록을 완료하였다. 『한국육종학회지』에 발표된 논문은 1970년대까지 연간 18편이었으나 2000년대에는 연간 60편으로 증가하였으며, 2024년까지 발표된 논문의 수는 3,000편 이상에 이르고 있다. 영문 학술지 『Plant Breeding and Biotechnology』에 국내외 연구자들의 우수한 연구논문 400여 편 이상을 수록하여 국제적으로 널리 인정받고 있다.
1988년에는 한국육종학회 창립 20주년을 맞이하여 21세기를 준비하는 뜻에서 식량 · 특용작물 · 원예작물 · 잠업 · 임업, 축산 및 신육종 기술에 대하여 21세기를 향한 육종 전략이라는 표제로 상기 각 분야가 전개될 육종을 예측하여 육종 전략을 설계하는 제20권 별호를 발간하였다. 1997년 추계 학술 발표는 제8차 아시아 · 태평양육종학회[SABRAO]를 유치해서 개최하여 외국인 132건, 내국인 84건을 포함 총 216건을 발표하여 성황리에 학술 발표가 이루어졌다. 또한 21세기는 하나의 지구촌으로 가까워지는 추세에 발맞추어 아시아 · 태평양육종학회 국제육종학회도 가입하여 국제 학술 교류를 도모하였다.
그리고 2019년에는 한국육종학회 창립 50주년 기념으로 광주광역시 김대중컨벤션센터에서 SABRAO와 공동으로 국제학술대회를 개최하였고, 그 이듬해인 2020년에 『품종개발 100년, 육종학회 50년』을 출간하여 학회 활동 및 육종 연구사를 체계적으로 정리하였다. 이 백서에는 임원 및 회원의 회고, 단상 및 제언의 글을 수록하고, 우리나라 육종 연구의 초창기에 기틀을 만들고 고인이 된 네 명의 육종 인물사를 실었다. 한국 명품 품종 개발사에는 작물별 주요 품종을 중심으로 개발에 얽힌 육성자의 이야기를 넣었다. 주요 품목별, 기술별 육종 연구에 대한 국내 현황 및 발달사에 관한 내용은 50주년 국제학술대회의 특별 세션에서 발표하고 그 내용을 발췌하여 수록하였고, 그동안 학회의 발자취와 학술 활동 및 논문 목록을 정리하였다.
한국육종학회는 창립 이후 현재까지 매년 학술 대회를 개최하여 회원들의 연구 결과를 발표하고 토론할 수 있는 장을 제공하고 있으며, 2004년 이후 정기 학술 발표회를 통해 작물 육종 유관 연구단들과 공동으로 첨단 육종 기술의 상호 정보교환 및 협력 연구를 활발하게 수행하고 있다. 또한, SABRAO 등 국제 또는 공동 학술 대회를 개최하여 국제간 및 타 학회와의 학술 교류를 적극적으로 추진한 결과, 연 400여 편 이상의 논문을 발표하고 있다.
한국육종학회는 1989년 학술상을 제정하여 국내 육종의 이론적 및 실용적 발전에 이바지한 연구자들에게 학회상과 품종육종상을 수여하기 시작한 이래 매년 시상 규모를 확대하였다. 2020년부터 육종 연구, 품종 개발 및 한국육종학회 발전에 현저한 업적이 있는 자에게 연구대상, 품종상, 우수논문상, 우수발표상, 농우육종학회상, 코레곤품종상, 월드그린시드피아 육종상, 월드그린시드피아 젊은육종가상을 시상하여 한국 육종가의 학술 연구를 장려하고 사기를 북돋고 있다.
한국육종학회는 작물, 원예, 임업, 축산 분야의 품종개량 및 육종에 관한 연구를 체계적으로 발전시키고 그 기본이 되는 유전 육종 지식을 널리 보급하여 육종학의 발전을 촉진하며 육종 이론을 종자 산업 현장과 연결하였으며, 1969년 창립된 이래 대한민국 농업 생명 분야의 대표적인 학회로 성장해 왔다. 그 결과 현재 대학, 연구소 및 산업체 전문가 1,200여 명의 회원이 활동하고 있고, 국문 학술지와 국제 영문 학술지를 연 4회 출간하고 있으며, 학술 대회 기간에 개최되는 정기총회에서는 학회 연구상 및 논문상과 함께 기업체 지원의 다양한 상을 수여하고 있다. 이러한 활동의 결과로 한국육종학회는 품종개량과 육종 기술의 체계적 발전을 통해 대한민국 농업 발전에 선도적 역할을 해왔으며, 현재 우리나라 농업이 처한 불확실성을 극복하기 위한 최신 농업생명공학 기술과 IT-BT 융복합을 통한 미래 먹거리를 두고 벌어지는 총성 없는 전쟁에서 승리할 수 있는 우수한 종자 개발에 선봉장 역할을 하고 있다.