해서교안은 1897년에 입교한 안태훈 일가의 천주교 입교로 빌렘(J. Wilhelm, 洪錫九 요셉) 신부와의 관계에서 시작되었다. 안태훈 일가의 입교와 천주교 신부의 제반 사회 문제 개입으로 말미암아 발생하였고, 황해도에서의 천주교회와 지방 관리, 지방민과의 충돌 사건이 계속 이어졌다. 이러한 충돌은 1900년 이후 해주, 재령, 서흥, 장연, 신천, 송화, 봉산, 안악, 옹진, 황주 지역으로 퍼졌다. 특히 교세가 강한 지역에서는 교회 세력과 지역 내 지방 관리, 지방민과의 충돌로도 이어졌다.
해서교안의 원인으로 작용한 갈등의 양상은 첫 번째는 교회 측과 지방관의 갈등이었다. 1897년과 1903년 신천, 1899년 안악, 1900년 옹진, 1901년 해주, 송화, 봉산, 서흥, 1902년 재령 사건들은 천주교 신부가 직접 관여하여 영향력을 행사하는 경향이 강했으며, 신자들 중 안태훈 등 ‘양대인자세(洋大人藉勢)’의 태도를 보이는 사람들도 얽혀 있었다.
두 번째는 교회 측과 주1, 토호층의 대립이었다. 1897년 신천, 1900년 옹진, 1901년 송화, 1903년 장연, 서흥 사건이 그것으로, 이는 천주교회 측에서 향장(鄕長)을 비롯한 향촌 사회의 향임(鄕任)층이 가지고 있던 향권(鄕權)을 위협한 것이었다. 이 대립들의 주요 원인은 수세권(收稅權)의 향배 문제였다. 1903년에 발생한 서흥 사건은 수세 문제를 둘러싸고 천주교회와 향반, 토호층 간에서 대립한 대표적인 사례이다.
세 번째는 교회 측과 일반 지역민들과의 대립으로, 1897년 신천, 1900년 옹진, 1901년, 1902년, 1903년까지 지속해서 발생한 해주 사건, 1901년 서흥, 1902년 황주, 신환포, 봉산, 재령 사건, 1903년 송화, 장연 사건이었다. 이 가운데 황주 사건은 지역의 경제적 이권을 둘러싸고 교회 측과 보부상 단체인 상무사가 대립한 사례이다.
해서교안은 천주교와 주2 간의 갈등으로도 이어졌는데, 대표적 사례는 1902년 재령의 신환포 사건이었다. 1902년 5월 11일 천주교 신자인 홍병용, 김형남 등이 신환포에 강당을 새로 짓기 위해 부역을 시키고 돈을 요구하다가 프로테스탄트 신자인 한치순 등과 충돌하였다. 이 사건은 천주교와 프로테스탄트 신자의 충돌에서 관찰사를 포함하여 중앙에서 사핵사까지 파견하여 나서게 된 사건으로, 당시 사건을 보고받은 주3 주교와 프랑스 공사까지 관여되어 교안으로 확대되었다. 이 사건에는 천주교와 프로테스탄트의 대립뿐만 아니라 토지 문제, 세금 문제 등 경제적 이해 관계가 첨예하게 결부되어 있었다.
천주교와 프로테스탄트 대립의 또 다른 사례는 1903년 장연 사건이다. 이 사건은 1901년 7월 장연 향장(鄕長)으로 있던 프로테스탄트 신자인 김윤오가 공금을 유출하여 부정을 저질렀다고 천주교 신자 조병길이 관찰부에 고소하면서 비롯되었다. 장연 사건은 군수와 김윤오의 횡령 혐의를 둘러싼 갈등에 천주교회와 프로테스탄트의 신자들이 충돌한 것이며 여기에 신부와 목사까지 관여하게 됨으로써 크게 확대되었다.
해서교안은 천주교회와 지역민들의 경제적 이해 관계가 얽힌 소송 사건, 천주교회 측의 교폐(敎弊) 원인으로 작용한 사건들이 대부분을 차지하였다. 당시 천주교인들은 지방관에 호소하기보다 선교사에게 위탁하는 것이 일반적이었다. 이러한 상황이 가능했던 이유는 천주교회는 지역민들의 제반 사회 문제, 특히 경제적 이권 문제에 깊이 관여하고 있었기 때문이다. 또한 지역민들은 교회의 힘에 의지하여 자신의 특권과 이기심을 충족하기 위한 수단으로 악용하고자 했기 때문이다.
해서교안은 다른 교안에 비해서 기간이 길었을 뿐만 아니라 지역과 원인, 내용, 충돌 당사자 등이 다양하게 얽혀서 발생한 교안이었다. 또한 사건 해결을 위해 지방의 군수와 관찰사는 물론 중앙의 주4과 진상 조사를 위해 정부에서 사핵사(查覈使)를 파견할 정도로 천주교회와 지역 사회, 정부가 모두 연루된 총체적 분쟁이었다.
황해도 지방의 분쟁 조짐은 장기간 이어졌고, 정부에서는 1903년 1월 22일자로 외부 교섭 국장 이응익(李應翼)을 황해도에 사핵사로 파견하였다. 천주교회 측에서는 두세(Doucet, Camille-Eugene. 丁加彌) 신부를 파견하여 최소한 화해할 수 있도록 노력했고, 프랑스 공사관에서는 서기관 테시에(S. Teissier)를 보냈다. 이렇게 황해도 내에서 정부, 교회, 공사관 측의 대리자들이 사건 조정에 들어갔지만, 서로의 주장이 엇갈려 해결을 보지 못했다.
프랑스 공사 측은 황해도 사건의 책임은 관찰사에게 있다고 주장하였고, 정부와 교회 측에서 각기 조사관을 파견할 것을 제의하였다. 이와 달리 외부대신은 1903년 2월 12일자로 사핵사의 주장에 따라 해서교안의 원인을 빌렘 신부와 천주교 신자들로 보았고 빌렘 신부의 소환을 요구했다. 관찰사 이용직은 해서교안에 대한 보고서를 의정부에 제출하였고, 그 내용이 관보에 게재됨으로써 프랑스 공사와 외부대신 사이에서는 치열한 공방전이 계속되었다. 사핵사 이응익은 빌렘 신부와 르 각 신부 등이 전교를 빙자하여 불법을 자행했기 때문에 프랑스 공사 측에 그들을 재판에 부칠 수 있도록 요청하였고, 프랑스 공사관이 선교사들을 구속 심판하라고 외부대신에 지시하였다.
1903년 2월 12일자로 사핵사의 주장에 따라 빌렘 신부를 소환하여 사핵(查覈)에 응하게 해줄 것을 요구하는 공문을 보냈다. 결국, 사핵사는 사건에 연루된 신자들을 체포하여 재판에 넘겼다. 이로 말미암아 뮈텔 주교의 지시로 해서교안의 중심에 있던 빌렘 신부는 1903년 4월 7일 서울로 소환되었다.
해서교안 이후 대한제국 정부는 조불 수호 통상 주5의 취지를 살려 천주교의 선교 활동을 억제하려는 상황이 아니라는 점을 밝히면서 1904년 6월 3일 「교민범법단속의고」를 제시하였다. 물론 해서교안 이전에 정부와 천주교회는 공식적인 협의를 진행했고, 1899년 3월 9일 정준시(鄭駿時)와 조선 대목구장 뮈텔 주교 간 「교민조약」이 체결되었다. 그러나 「교민조약」이 체결된 뒤에도 교안은 그치지 않았고, 1901년에는 제주교안이 일어나서 가장 많은 희생자를 냈다. 정부와 교회는 무력으로 충돌한 천주교 신자들과 제주도민들이 화해할 수 있도록 「교민화의약정」을 체결하였다. 「교민범법단속의고」는 해서교안의 결과에 대한 것이 아닌, 해서교안의 처리 과정에서 생긴 불만을 담은 것이었다.
외부대신 이하영(李夏榮)은 프랑스 대리공사인 퐁트네(Vicomte de Fontenay, 溤道來)에게 불량한 교인들을 근절시키기 위해 적절한 조치가 필요하다는 것과 해서교안의 처리 과정에 대한 불만에서 비롯된 서한을 보냈다. 이때 이하영이 제기한 내용이 1904년 6월 6일자 『제국신문(帝國新聞)』에 8개 조목으로 소개된 주6 「교민범법단속조례」(敎民犯法團束條例)이다. 이 조약의 체결 주체는 한국의 외부대신과 프랑스 공사로, 한국의 전 지역에 적용되는 내용이라는 점에서 「교민조약」 · 「교민화의약정」과는 일정한 차이가 있다. 그러나 러일전쟁이 발발하고, 일본이 서울을 침입하여 군사적 위세를 떨치는 상황에서 이 조약이 체결되었는지는 알수 없다. 대한제국 정부 측 기록에는 「교민범법단속조례」로 되어 있고, 「구한국외교문서」 「법안」 1929호에도 ‘범법교민’의 단속을 위한 ‘조례작성 건’으로 표기되었다. 「교민범법단속조례」는 교회와 국가의 영역을 구분지었다. 즉 신앙의 자유를 완전하게 인정하는 동시에 정교분리(政敎分離)의 원칙을 확인한 역사적 의의가 있다.
해서교안이 수그러든 1904년에는 본당별로 신자 수가 대폭 감소하였고, 성인 세례자와 예비 신자는 거의 찾아볼 수 없게 되었다. 특히 교안이 집중되었던 신천의 청계동 본당, 장연의 두섭 본당, 재령 본당, 황주 본당의 신자 수는 다른 지역에 비해 격감하였다. 이와 대조적으로 황해도 지역에서 프로테스탄트 교회는 이후 급속도로 성장하였다.
해서교안은 기존의 여러 교안에서 발생했던 선교사와 천주교인에 대한 반감이 가장 크게 작용한 교안이다. 선교사들이 행했던 치외법권이 천주교 신자를 적극적으로 보호했고, 서양 선교사들에게 의지하려는 사람들이 교회로 몰려들게 되었다. 그러나 눈에 띄는 신자 수의 증가와 선교사들의 적극적인 선교 활동 과정은 결국 지방 관리나 지역 주민과의 충돌로 빚어지는 교안으로 이어졌다.