해태제과는 1945년 10월 3일 ‘해태제과 합명회사’라는 이름으로 설립되었다. 광복 이후 순수한 민족자본과 우리 기술로 세워진 국내 최초의 식품회사이다. 해태제과는 설립 초기부터 사회·경제적으로 극도로 피폐하고 혼란스러웠던 상황으로 인해 원료 부족과 자금난 등 어려운 악조건을 극복해야만 하였다. 더욱이 1945년에는 미국의 드롭프스 캔디가 대량으로 수입되어 국내 제과시장을 휩쓰는 위기를 맞기도 하였다. 해태제과는 이러한 위기 속에서도 생산품을 다양화하고 질적 향상을 위한 노력을 통해서 1947년 ‘웨하스’, ‘제리’ 등 우수한 품질의 제품을 잇달아 출시하며 제과기업의 기틀을 마련하게 된다. 특히 1950년의 6·25 전쟁으로 인해 회사 임직원의 절반 이상을 잃었고 판매조직도 거의 와해되는 절체절명의 위기를 이겨내고 본격적인 발전의 길을 걸었다.
1960년 이후에는 서울의 영등포구 양평동에 국내 최대 규모의 생산공장을 조성하였다. 그리고 이를 기반으로 하여 사탕·껌·과자·빵 등 생산제품을 30여 종으로 대폭 확대하였다. 1970년 국내 최초 아이스크림콘인 ‘부라보콘’이 탄생하였다. 2016년까지 누적 판매 45억 개 이상에 달하는 ‘부라보콘’은 출시 당시 일반 고객은 물론 전국 각지에서 대리점을 자청하며 상경한 도매상들로 인산인해를 이루어 공장 출입문을 봉쇄했을 정도의 큰 인기를 얻었다. 1972년 증권시장에 상장한 해태제과는 1970년대 ‘맛동산’, ‘에이스’, ‘샤브레’, ‘누가바’, ‘바밤바’ 등이 연속적으로 히트하며 성장기를 맞았다. 그리고 1980년대에는 명실상부한 국내 1위 제과기업으로 인정받으며 히트 제품들을 계속해서 만들어냈다. 1981년 프로야구 출범과 함께 생산한 ‘홈런볼’은 야구공과 비슷하게 생긴 모양 때문에 야구 열풍에 힘입어 폭발적인 인기를 얻었다. 또한, 쵸코케이크 ‘오예스’는 해태제과의 대표적인 장수 브랜드 중 하나로 월 매출 40억 원을 넘는 메가브랜드로 성장하였다. 그 밖에도 ‘맛동산’, ‘샤브레’, ‘자유시간’ 등은 아이들은 물론 성인들에게도 친숙한 브랜드로 모두 1980년대에 생산된 제품들이다.
그러나 1987년 1월 해태제과㈜로 상호를 변경하고 전자·무역·중공업 등 문어발식으로 사업을 다각화하면서 해태제과는 서서히 침몰하게 된다. 계열사 간의 무리한 자금지원과 지급보증 등으로 심각한 경영난을 겪게 되면서 1997년 11월 그룹의 주력사인 해태제과가 최종 부도 처리된 것이다. 이로 인해 해태제과·해태음료·해태유통·해태상사 등 4개사는 법원에 화의 절차를, 해태산업·해태전자·해태중공업 등 3개사는 법정관리에 들어갔다. 1998년 6월 채권단이 해태제과를 제외한 각 계열사를 법정관리 및 파산 등으로 정리 하면서 해태그룹은 마침내 해체되고 말았다. 이후 1999년 12월, 채권단이 해태제과의 기업 브랜드 가치를 인정해 대출금 약 8,442억 원을 출자 전환하고, 2001년 7월에는 UBS 컨소시엄(CVC, JP모건, UBS 캐피털 등) 투자그룹이 해태식품제조㈜라는 새로운 회사를 설립하여, 해태제과 제과사업 부문의 ‘해태’ 브랜드를 포함한 우량자산과 부채를 함께 인수하였다. 이때 기존의 해태제과㈜는 하이콘테크㈜로 사명을 변경한 뒤 2001년 11월 상장을 폐지하였다. 해태제과는 이러한 과정 속에서 2005년 1월에 크라운제과가 구성한 크라운 컨소시엄에 다시 팔리면서 현재 ‘크라운-해태제과㈜’라는 이름으로 국내 최초의 제과회사라는 역사만을 이어가고 있다.
그동안 수많은 인기 제품을 생산해낸 해태제과는 2014년 8월 그동안 감자칩은 ‘짠맛’이라는 고정관념을 깨고 ‘단맛’ 감자칩인 ‘허니버터칩’을 탄생시키면서 국내 스낵시장 1위로 단숨에 뛰어오르기도 하였다. ‘허니버터칩’은 2011년 7월 해태제과와 일본의 가루비가 지분을 50대 50으로 설립한 해태가루비㈜의 문막공장에서 생산된 제품으로, 출시되자마자 곧바로 품귀현상까지 일어나며 제과업계에 돌풍을 일으켰다. 크라운제과는 해태제과 인수로 국내 제과시장 점유율을 35%까지 끌어올리면서 국내 1위의 제과전문 기업으로 도약했으며, 해태-가루비, 글리코-해태 등의 합작사 설립, 이탈리아 정통 젤라또 기업인 빨라쪼 델 프레도 인수 등을 통해서 글로벌 제과기업으로 성장하기 위한 발전을 거듭하고 있다.
현재 해태제과식품의 주력 사업은 과자, 유제품 및 냉동제품의 생산·판매·수출이다. 2017년 6월 기준으로 매출액 비중이 가장 큰 분야는 과자류 및 아이스크림 품목이며, 천안·광주·청주·경산에 생산공장이 있다. 2020년 3월 해태아이스크림은 빙그레에 매각되었다.