기존의 환경처가 자연환경 및 생활환경의 보전과 환경오염 방지업무를 관장해 오기는 하 였으나 주로 타부처에 대한 조정, 지원기능 위주이었던데 반하여 앞으로 독립적인 위치에서 정책을 직접 수립, 집행할 수 있도록 하기 위하여 1994년 12월「정부조직법」을 개정하여 환경부로 승격시켰다.
환경문제를 국가적 차원으로 대처하여야 할 필요성에서 1980년 환경청으로 발족하여 1990년 환경처로, 다시 환경부로 승격되었다.
조직은 국무위원인 정무직 장·차관 각 1인과 장관 밑에 장관정책보좌관과 대변인, 차관 밑에 감사관을 두며 정책 및 기획을 조정하고 이를 시사분석하며, 예산·행정관리·법제 환경정보와 비상계획에 관한 사무를 관장하기 위하여 기획조정실을 두고 운영지원과·자연환경정책실·생활환경정책실·물환경정책국 및 수자원정책국을 두고 있다.
2018년 현재 환경부장관 소속하에 국립환경과학원, 국립환경인력개발원, 온실가스 종합정보센터, 중앙환경분쟁조정위원회 사무국과 책임운영기관인 국립생물자원관 및 화학물질안전원을 두고 있다. 그리고 환경부 소관사무를 분장하기 위하여 서울에 한강유역환경청, 부산에 낙동강유역환경청, 대전에 금강유역환경청 및 광주에 영산강유역환경청을 두고 그 아래 원주·대구·새만금에 지방환경관리청, 수도권대기환경청 등을 두고 있다.