1906년부터 중등교육기관으로 전환되어 다양한 내용의 중등교육을 실시하였다. 1906년 10월 현재 본학관은 16세 이상의 남자를 입학자격으로 하고, 교과목은 대한역사 · 지지 · 만국역사 · 지지 · 화학 · 물리 · 산술 · 영어 · 음악 · 일어 · 상품교과서 · 부기학 · 생리학 · 도학(圖學) · 운동 등으로 하였다.
1907년 9월에 본학관은 보통과 외에 어학과 · 공업과 · 상업과 · 야학과 등의 과정을 개설하여 소정의 교육을 실시하였고, 보통과는 본국지지 · 역사 · 만국지지 · 역사 · 산술 · 수학 · 물리학 · 화학 · 생리학 · 경제학 · 성학(星學) · 성경 · 일 · 영어 등의 교과목을 가르치고, 어학과의 교과목은 일어 · 영어로 하였으며, 상업과(속성)는 부기 · 상업 · 상업지지 · 산술 · 상업서류 등의 교과목을 가르쳤으며, 야학과는 일어 · 영어 · 부기 등의 과목을 교과로 하였다.
한성의 종로에 설치된 황성 기독교학관은 1908년 9월 현재 3년제의 중학과와 어학후과, 목공과(木工課), 야학과정(영어과 · 일어과 · 부기과) 등을 개설하여 소정의 교육을 실시했으며 특히 목공과에서는 공업도화, 산술, 성경, 목공 등을 교과목으로 하였다.
영어과는 1년제의 일어과와 2년 과정의 영어과를 두고, 목공과의 수업연한은 1년으로 하였다. 본 학관은 1909년 9월부터는 철공과(鐵工課)의 과정도 개설하여 15세 이상된 남자로 신체 강건하고 품행 단정하며 보통학교 졸업자나 이에 상당한 학력이 있는 자를 입학자격으로 하였다.
본 학관은 1910년 4월에 상업야학과를 특설하였는바, 수업연한은 2년이고, 입학자격은 18세 이상으로 하였으며, 교과목은 산술(보통주산 · 상업암산), 부기(상업 · 은행 · 회사 · 관청), 상업학(통론 · 해관 · 매매 · 보험 · 위채 · 창고 · 무역), 상업(총론 · 회사법 · 상행위 · 수형법), 상업지지(내국 · 외국), 상품학, 경제학 · 성경, 어학(일어 · 영어)이었다.
황성기독교청년회학관은 1910년에 중학과의 수업연한을 4년으로 연장하고, 중학과와 함께 공예과(목공과 · 철공과 · 사진과), 야학과(영어과 · 일어과 · 부기과 · 한어과 · 산술과), 영어후과, 상업과 등의 과정을 개설하여 각 과정별로 소정의 교육을 실시하였다.