2003년 보물로 지정되었다. 수덕사 대웅전에 봉안되어 있는 목조삼세불상 3구 및 복장유물, 연화대좌, 수미단(須彌壇) 등 관련 유물들이다. 삼세불이란 본래 과거불 · 현재불 · 미래불(연등불 · 석가불 · 미륵불)을 일컫는 것이었으나 공간적 개념으로 그 의미가 확대되면서 현재의 공간과 동방, 서방의 3세계를 의미하는 뜻으로도 사용하게 되었다. 수덕사 삼세불상은 현재불인 중앙의 석가모니불을 중심으로 왼쪽[향우]에 동방유리광정토의 약사불, 오른쪽[향좌]으로 서방극락정토의 아미타불을 배치한 공간적 개념의 삼세불이다. 이 불좌상은 1639년(인조 17)에 수연(守衍)을 비롯한 7명의 비구가 참여하여 조성한 것으로, 수덕사의 중흥조인 만공(滿空) 선사가 전라북도(현, 전북특별자치도) 남원에 있는 만행산 귀정사(歸淨寺)에서 옮겨온 것이라 전한다.
항마촉지인을 짓고 있는 석가모니불은 굽어보는 듯한 자세에 당당한 어깨와 넓은 무릎을 하여 안정감이 있는 신체비례를 가지고 있다. 육계의 구분이 불분명한 머리에는 중앙계주와 정상계주와 표현되어 있으며, 네모꼴의 각진 얼굴에는 근엄한 듯 부드러운 미소가 엿보인다. 귀는 길어서 어깨까지 늘어졌고, 가늘어진 목에는 삼도(三道)가 뚜렷하다. 옷은 양어깨를 다 덮는 통견(通肩) 형식이나 오른팔을 드러나게 하여 좌우 불상과 차이를 두었다.
약사불과 아미타불 또한 형태와 묘사에 있어 본존불과 동일한 양식을 보여주고 있는데, 특히 약사불과 아미타불은 수인(手印)이 대칭되게 표현되었고, 약사불의 오른손 바닥에 약합이 놓여 있는 것 외에는 동일하여 1635년(인조 13)에 조성된 영광 불갑사 목조석가여래삼불좌상(보물, 2003년 지정)과 같은 양식을 보여주고 있다.
석가모니불이 앉아 있는 대좌형 수미단은 고려시대 심원사(心源寺) 대웅전의 수미단과 그 장엄수법이 동일한 것으로, 금강저(金剛杵), 삽화병(揷花甁), 모란(牡丹), 운파(雲波) 등 안상(眼象) 조각에서 고려시대 수미단의 특징을 살필 수 있다. 이 수미단의 기초는 일반형 탁자와 달리 대웅전 마루 저면 약 30㎝ 지점의 초기 평면과 동일하며, 그곳에서부터 육각의 저대석이 탁자를 지탱하고 있는 것으로 보아 조성시기는 대웅전 건립연대인 1308년(충렬왕 34)과 같을 것으로 추정된다.
불상 안에서 나온 복장유물은 전적류, 후령통(喉鈴筒) 및 오색실, 복식 등이 있다. 전적류는 발원문을 비롯하여 『묘법연화경』, 『대방광언각수다라요의경』, 『불설관세음경』 등의 경전과 진언문, 다라니로서 17세기 초반에 간행된 목판본이 주를 이룬다. 후령통 안에는 각각 오방(五方)을 상징하는 5색의 사각형 직물 안에 원형, 금강저, 삼족(三足)과 육족(六足)의 번(幡)을 의미하는 형태의 직물이 들어 있었다. 오색실은 동 · 서 · 남 · 북 · 중앙을 상징하는 청색 · 백색 · 홍색 · 자주색 · 황색의 실이다.
수미단은 유일하게 대좌형 수미단을 육각과 장방형으로 각기 구성하고 있어 공예사적으로 귀중한 자료이다. 또한 복장유물 중 복식은 조선 중기 포(袍)에서 두루마기의 형태를 따르고 있으며 모든 직물의 색상이 완벽하게 보존되어 있어서 당시의 직물사 및 염색 연구에 귀중한 자료로 평가된다.