일제 당국의 공립보통학교 중심의 식민지 교육정책에 의해 설립되었다. 1918년 4월 6일 설립인가를 받아서 1919년 4월 1일 금곡공립보통학교로 개교하였는데 남양주 관내 최초의 공립학교이다. 1948년 일패분교장을 설치하였다가 1948년 양정국민학교로 분리되었고, 1967년 평내분실이 평내분교장으로 승격되었다가 1968년 평내국민학교로 분리되었다. 1981년 병설유치원를 개원하였고, 1996년 금곡초등학교로 교명을 변경하였다.
교훈은 ‘새롭게 생각하고 행동하는 어린이’이다. 학급 전통예절의 날 운영과 학교 도서관의 정보 센터 구현 및 독서 교육 활성화를 역점사업으로 추진하고 있다. 특색사업으로 한자 급수제, 영어 인증제 등 기능장제를 시행하고 있으며, 다산집중탐구대회, 다산 유적지 체험 등 고장의 인물 다산 정약용을 통한 자긍심 기르기에 힘쓰고 있다. 학생활동으로는 유도부가 2001년 전국소년체육대회에서 우승하는 등 활발한 활동을 펼치고 있다.
2010년 6월 현재 30학급에 1,002명의 학생이 재학하고 있으며, 교직원은 57명이 재직하고 있다. 2010년 2월 제88회 졸업식을 하였고, 총 11,986명의 졸업생을 배출하였다.