1946년 9월 1일 김녕중학원으로 설립되었고 1947년 7월 8일 김녕공립초급중학교로 3년제 3학급 설립인가를 받아 1947년 10월 3일 개교하였다. 1954년 학칙 변경으로 6학급, 1978년 9학급으로 인가되었다. 1979년 3월 1일 문교부지정 과학실험 연구학교로 1년간 운영되었고 1984년 3월 1일 제주도교육청지정 체육 시범학교로 1년간 지정되었다.
1988년 12월 1일 학교경영 우수학교로 문교부장관상을 받았다. 1991년 3월 2일 제주도교육청지정 학생용 책걸상관리 시범학교로 3년간, 1997년 3월 1일 제주도교육청지정 인성교육 시범학교로 2년간 지정되었다. 2009년 3월 1일 제주형 자율학교(i-좋은학교)로 지정되어(2011년 2월 28일까지) 현재 운영되고 있다. 2010년 3월 2일 전국 영어리더학교 최우수교로 선정되었다.
미래를 지향하는 성실하고 창의적인 제주인 육성이라는 교육목표와 교육활동 실명제를 통한 자율과 책임을 중시하는 학교경영이라는 교육방침 아래 교훈은 '면학(勉學)'이다. 교목은 소나무, 교화는 금잔화로 정하여 학교의 상징으로 삼고 있다.
학생활동으로 요트반, 환경사랑 4-H반, RCY, 풍물반, 누리단 등을 운영하고 있다. 2010년 3월 2일 현재 6학급으로 편성되어 있으며, 재학생은 117명이고 교직원은 총 22명으로 구성되어 있다. 2010년 2월 5일 제62회 졸업식을 하였고, 총 6,830명의 졸업생을 배출하였다.