1948년 8월 서종고등공민강습원이 설립되고 기성회가 발족하였다. 1949년 2월 17일 서종고등공민학교로 개교하였다. 1969년 2월 20일 학교법인 수송학원에서 학교운영권을 인수한 뒤, 1971년 1월 25일 서종중학교 설립인가를 받고 1971년 3월 서종중학교로 개교하였다. 1974년에는 학교법인 경해학원이 설립되었고, 1981년에는 학교법인 선덕학원이 설립되었다. 1998년에 학교법인 양진학원이 설립되었다.
자주인, 창조인, 건강인, 도덕인 양성을 교육목표로 교훈은 ‘열린지성, 따뜻한 감성, 함께하는 성장’이며, 교목은 소나무, 교화는 매화이다.특기적성교육을 위해 미술, 체육, 컴퓨터, 중국어 등 9개 부서의 활동을 운영하고 있다. 독서교육의 활성화, 생활영어 활용 능력 신장을 위한 교육을 진행하고, 특색사업으로 위인탐구를 통한 꿈 키우기를 운영하고 있다.
전체 3학년 9학급으로 이루어져 있다. 교육 비전은 '모두가 함께 배우며 성장하는 행복한 학교'로 두고 있다.