1992년 12월 선문대학교의 전신인 성화대학교 박물관으로 출범하였다. 학교설립을 추진하던 1982년 문화유산 수집가인 홍성하(洪性夏) 유족으로부터 인수한 도자기 847점, 회화 507점, 서예 205점, 공예 82점 등 1,780점의 문화유산과 1990년 프랑스 국립도서관으로부터 인수한 한국 초대 그리스도교 성서와 교리해설서 375점이 박물관 소장품의 토대가 되었다. 박물관 출범 이후인 1993년에는 초대 총장인 윤세원(尹世元)이 기증한 조선시대 유물 159점과 1999년 일본 아다카(安宅) 컬렉션으로부터 인수한 조선시대 민화 1,280점이 더해졌다.
1994년 3월선문대학교박물관으로 명칭을 변경하였다. 2000년 2월 ‘설립자 탄신 80주년 기념 명품전’을 개최하고 『선문대학교 명품도록』1∼4권(2000∼2003)을 발간하였다. 2006년 10월 27일 개교 20년을 맞이하여 선문대학교 아산캠퍼스에 박물관을 재개관하였다.
박물관은 아산캠퍼스 중앙도서관 4층과 5층에 550평 규모로 마련되어 있으며, 4개의 전시실과 수장고, 보존 과학실, 학예실 등을 갖추고 있다. 전시실은 대표적 소장품 가운데 고미술품을 전시하는 상설전시실, 프랑스 국립도서관에서 환수한 한국 초대 그리스도교 성서를 전시하는 성서전시실, 선문대학교 역사학과에서 발굴한 경남 진주 남강유적지 매장 유산을 전시하는 진주남강유적관, 그리고 특별전시실로 구성되어 있다.
대표적인 소장품으로는 민영익의 「묵란도」와 「청자상감파룡문대매병」 등이 있다. 이밖에도 김홍도 · 신윤복 · 정선 · 장승업 · 김정희 등 조선시대 유명 화가들의 작품들과 민화들을 소장하고 있다.