울산에는 청동기 시대의 유적이 많고 삼국 시대의 고분군들도 많이 분포되어 있는데, 1990년대 들어 울산 지역의 청동기와 삼국시대 유물에 대한 발굴 조사가 본격화되면서 울산대학교박물관이 1995년 12월 개관하게 되었다.
울산대학교박물관은 주로 선사시대 유적과 매장유산에 대한 발굴 조사에 주력하는 고고학 전문박물관이다. 1996년양산 삼호리 조선시대묘 유적을 비롯하여, 울산 중대 고분군, 김해 능동유적, 울산 반구대 암각화 등 현재(2011년)까지 17차례의 발굴 조사를 시행하였으며, 『울산중대고분군』(1997), 『울산반구대암각화』(2000), 『김해능동유적』(2001) 등의 학술조사 보고서를 간행하였다.
소장품은 선사시대의 토기류, 철기류, 옥석류 등 고고 유물을 비롯하여 고려사대 청자, 조선시대 서화류 등 약 1만 2천여 점에 이른다.
전시실은 두 개로 나뉘어 있는데 제1상설전시실에서는 2009년 개최되었던 ‘일본, 기모노와 인형전’에 출품되었던 유물을 2010년 3월부터 상설전시로 전환하여 일본 민속자료를 전시하고 있다. 제2상설전시실은 청동기시대부터 조선시대까지 토기, 항아리, 무기류, 장신구 등의 역사유물을 시대별로 전시하고 있다. 아울러 울산대학교박물관이 발굴한 부산시 기장 가동유적지의 삼국시대 유물들이 소개되어 있다.
특별전으로는 ‘발굴유물특별전’(1997), ‘고고학으로 본 부산의 역사’(2008), ‘일본, 기모노와 인형전’(2009) 등을 개최하였다.
학술 및 교육 사업으로서 울산 지역의 역사와 문화를 주제로 하는 학술 심포지움을 꾸준히 개최하고 있으며, 명사초청 특별강연회, 역사 문화 강좌, 문화 탐방 프로그램 등을 운영하고 있다. 또 문화관광해설사 신규 양성 및 보수 교육, 전국 문화탐방강사 양성교육 등 전문 인력 양성교육도 시행하고 있다. 1999년부터 매년 1회 『울산연구』를 간행하고 있다.