전 학문분야를 아우르는 국가 기초연구지원시스템의 효율화 및 선진화를 목적으로 한국과학재단, 한국학술진흥재단, 국제과학기술협력재단이 하나로 통합되어 2009년 6월 새롭게 출범한 연구관리전문기관이다.
학술 및 연구개발 활동과 관련 인력의 양성 및 활용을 보다 효율적이고 공정하게 수행함으로써 국가의 학술 및 과학기술 진흥과 연구역량 제고에 기여한다.
이공 분야 연구를 지원하던 한국과학재단, 이공 및 인문사회 연구를 지원하던 한국학술진흥재단, 국제협력을 지원하던 국제과학기술협력재단 등 교육과학기술부 산하 연구지원기관을 통합하여 2009년 6월 한국연구재단이 출범했다. 이는 전 학문분야를 포괄하여 효율적인 지원사업을 펼치기 위한 목적에서 이루어졌다. 2009년 3월 한국연구재단법이 제정되었으며, 한국연구재단 설립위원회가 구성되었다. 6월 한국연구재단의 설립과 함께 초대 이사장으로 박찬모가 취임했다. 2011년 1월 제2대 이사장으로 오세정이 취임했다.
연구재단은 학술 및 연구개발 활동의 지원, 학술 및 연구개발 인력의 양성과 활용의 지원, 학술 및 연구개발 활동의 국제협력 촉진 지원, 학술 및 연구개발 사업 수행에 필요한 자료 및 정보의 조사·수집·분석·평가·관리·활용과 정책 개발 지원, 학술 및 연구개발 관련 기관·단체의 연구·운영 지원, 국내외 학술 및 연구개발 관련 기관·단체 간의 교류협력 지원 등 학술 및 연구개발에 필요한 다양한 지원 활동을 추진하고 있다.
전 학문 분야를 아우르는 9개 대표 사업으로 ①기초연구진흥(선도연구센터육성사업, 일반연구자지원사업 등), ②원천기술개발(글로벌프론티어사업, 첨단융합기술개발사업 등), ③원자력 진흥 및 안전(원자력연구기반확충사업 등), ④거대과학기술개발(우주기술개발사업, 핵융합연구개발사업 등), ⑤대학교육역량강화(대학교육역량강화사업, 세계수준의 연구중심대학 육성사업 등), ⑥학술연구역량강화(인문학진흥사업, 한국사회과학연구지원사업 등) ⑦과학기술인력양성 및 기반조성(산학연계형산업인력양성사업, 미래기초과학핵심리더양성사업 등), ⑧과학기술진흥기금사업(과학기술문화창달사업, 과학기술진흥단체지원사업 등), ⑨과학기술국제협력(국제공동연구사업, 해외우수연구기관유치사업 등) 등을 들 수 있다.
2011년 3월 기준으로 2명의 상임임원과 14명의 비상임임원, 259명의 직원과 42명의 비정규직 인력이 2조 8958억원의 예산을 관리·지원하고 있다. 이사장, 사무총장 아래 정책연구실, 기초연구본부, 인문사회연구본부, 국책연구본부, 학술진흥본부, 경영관리본부, 국제협력센터, 기획조정실을 갖추고 있으며, 부설 연구개발인력교육원이 있다. 대전의 대덕연구단지와 서울의 서초구 헌릉로에 각각 청사를 두고 있다.
모든 학문분야를 지원하는 대표연구지원관리전문기관으로 한국의 학술진흥 및 연구개발에 중추적 역할을 담당하고 있다.