첨단 식품과학기술을 이용하여 국가 농수산업과 식품산업 발전에 기여하기 위한 연구활동을 추진하는 과학기술정보통신부 국가과학기술연구회 산하의 정부출연연구기관이다.
식품 분야의 산업원천 기술 개발 및 성과 확산, 기술 지원 등을 통해 농림수산업 및 식품산업 발전과 국민의 삶의 질 향상에 기여한다.
1987년 12월 제정된 한국식품개발연구원 육성법에 의해 농수산물유통공사 종합식품연구원과 KIST 식품관련 연구부서가 통합하여 한국식품개발연구원이 설립되어 이듬해 5월부터 본격적인 운영에 들어갔다. 1991년 성남시 분당구에 새로운 청사를 준공하여 입주했으며, 1996년 특허청에 의해 식품분야 산업재산권 진단 및 평가기관으로, 1997년 국립기술품질원에 의해 가공식품분야 국가 공인시험기관으로 지정되었다.
1998년 축산물 품질검사 및 위생교육기관, KS인증기관, 자가품질검사기관으로 각각 지정되었으며, 1999년 축산물HACCP(축산물 위해요소 중점관리제도) 교육 훈련 기관으로 지정되었다. 2002년 식품위생검사기관, 생명공학 및 식품가공분야 벤처기업 평가 기관으로 지정되었으며, 2004년 한국식품연구원으로 개칭했다. 2008년 지식경제부 산업기술연구회 소관으로 변경되어 오늘에 이르고 있다.
연구원의 주요 기능은, 식품 기능성 규명, 신소재·신공정 연구개발, 식품 저장·유통·안전성 기술 연구개발, 전통식품의 세계화 연구개발, 식품 분석, 정보, 표준화 및 기반조성 연구개발, 기술정책 수립의 지원, 기술지원, 시험평가인증, 인력양성, 기술사업화 등 정부, 민간, 법인 단체 등이 위탁하는 사업 등을 수행하는 것이다.
주요 연구성과로, 미곡종합처리장(RPC) 표준모델, 청결위생고춧가루 제조시스템 등 농산물 가공처리 일관 시스템 기술 개발, 신선편이 채소류의 세척, 살균처리기술, RFID를 이용한 APC 신물류 시스템 등 농식품 신선도 유지관리 기술 개발, 사카자키균 신속 검출기술, 트랜스지방산 분석기술 등 식품 안전성 평가 기술 개발, 무균 포장밥 제조기술, 친환경 쌀 처리기술, 즉석 쌀국수, 옥수수 수염차, 사과주스, 당근 주스 등 고부가 신가공기술 개발, 청국장의 당뇨 예방 효능 구명, 비만조절 신물질(MB550)개발, 항아토피 유산균 발표 소재개발 등 기능성 식품 제조 기술 개발, 한국형 우주식품, 외국인 선호형 고추장 소스 등 전통식품 세계화 연구 등이 있다.
2011년 2월 기준으로 연구직 123명, 기술직 13명, 행정직 27명, 기능직 5명 등 총 169명의 정규인력과 별정직 193명, 인턴 8명 등 총 373명이 근무하고 있다. 원장 아래 선임본부장, 행정본부, 부설 세계김치연구소를 두었으며, 선임본부장 아래 미래전략기술연구본부, 산업원천기술연구본부, 산업진흥연구본부, 산업지원본부, 전략기획본부 등 6본부 1단(센터) 6실의 조직구조를 갖추었다.
연구원은 농수산업의 부가가치를 높이고 식품안전을 강화하는 한편 기능성 식품 등 새로운 식품개발을 통해 국가 농수산업과 식품발전에 기여해왔다.