지질자원 연구개발 및 산업화를 주도하는 국내 유일의 전문기관으로 지식경제부 산업기술연구회 소관의 정부출연연구기관이다.
국내외 육상·해저지질조사, 지하자원의 탐사·개발·활용, 지질재해 및 지질관련 기후변화 대응 관련 원천기술개발 및 성과확산을 통해 지속가능한 국가발전에 기여한다.
한국지질자원연구원은 1918년 설치된 조선총독부 지질조사소 및 연료선광연구소에 뿌리를 두고 있다. 1946년 두 기관이 통합되어 중앙지질광산연구소가 되었으며, 1948년 대한민국 정부수립과 함께 국립중앙지질광물연구소로 명칭이 변경되었고, 1961년 국립지질조사소로 변경되었다. 1973년 과학기술처 소속 국립지질조사소와 상공부 소속 국립광업연구소를 통합하여 상공부 소속 국립지질광물연구소가 되었고, 1976년 5월 특정연구기관육성법에 의거 과학기술처 산하의 정부출연연구기관인 자원개발연구소로 개편되었다.
1981년 1월 자원개발연구소와 한국종합에너지연구소가 통합되어 한국동력자원연구소가 되었으며, 1991년 다시 자원분야와 에너지분야가 분리되어 한국자원연구소가 발족했다. 2001년 한국지질자원연구원으로 명칭을 변경했으며, 2008년 지식경제부 산업기술연구회 소관이 되어 현재에 이르고 있다.
연구원의 기능은, 지질자원 기반정보 구축 및 지반·지하공간의 효율적 이용기술 연구개발, 광물자원 탐사·개발 및 순환·활용 기술 연구개발, 지하 에너지자원 확보 기술 연구개발, 지진, 지질재해와 지질관련 기후변화 대응 및 적응 기술 연구개발, 지하수자원의 탐사, 개발 및 보전기술 연구개발, 기타 기술정책 수립 지원, 시험평가인증, 인력양성, 기술지원 등으로 구성된다. 주된 연구사업으로, 지질도폭 조사연구 등 국토지질연구, 희유금속 초고순도화 기술 등 광물자원연구, 심해저 유가스전 탐사 및 평가 기술개발 등 석유해저연구, 지질자원특성분석 체계구축 등 지구환경연구 등을 추진하고 있다.
2011년 6월말 기준으로 책임급 189명, 선임급 141명, 원급 63명 등 437명의 임직원과 비정규직 126명이 근무하고 있다. 원장 아래 선임연구본부장, 정책협력부, 기획조정부, 행정관리부를 두었으며, 선임연구본부장 아래 국토지질연구본부, 광물자원연구본부, 석유해저연구본부, 지구환경연구본부, 국제기질자원인재계발센터 등의 조직을 갖고 있다.
연구원은 국가의 전략자원 및 에너지 확보와 국토보전을 위한 지질조사와 자원 연구에서 많은 기여를 해왔다.