충북 충주본당의 제6대 주임 보어(J. Borer, 玉保乙, 요셉) 신부가 1955년 4월 19일 충주성심 맹아학원을 설립한 것이 충주 성심학교의 시작이었다. 당시 교육과정은 초등부 3년제였는데, 1960년 맹아와 농아를 분리하여 농아만을 전문적으로 담당하게 되었으며, 1961년 12월에 충주성심농아학교로 인가를 받았다. 1965년 11월에 설립된 학교법인 청주 가톨릭학원에 속하게 되었다. 1971년 초등부 12학급, 중학부 3학급으로 증설되었고, 보건사회부로부터 ‘농아직업보도원’ 인가를 받아, 청각장애 아동에 대한 본격적인 직업교육을 시작하였다. 이윽고 유치부(1987년), 고등부(1988년)도 차례로 설치되었으며, 교육부 정보활용교육 연구학교로 지정 되었고(1998년), 대한민국 정보문화상 교육부분상을 수상하였다.(1999년) 2002년 9월 고등부 야구단을 창설하였고, 2004년 11월 개교 50주년 기념 성심예술제를 개최하였으며, 2005년 학교 숲 시범학교로 지정되었다. 2009년 3월, 3세 이하의 장애영아반 1학급도 신설했다.
“이웃을 사랑하라”는 가톨릭의 박애 정신을 바탕으로, 청각장애 아동들이 장애를 극복하고 자립성과 자활능력을 갖춘 민주시민으로 성장하도록 교육하기 위해 설립되었다.
역대 학교장을 보면 초대(1955년)부터 제4대(1971년)까지는 메리놀 외방전교회 소속의 미국인 신부들이 맡았으나, 제5대(1971년)부터 2011년 현재(제9대)까지는 영원한 도움의 성모수녀회 수녀들이 담당하고 있다. 또한 교육대상 아동들도 초창기에는 시각장애 아동들도 포함되어 있었으나 곧 따로 분리되고, 청각장애 아동들만 대상으로 하였다. 처음에는 초등부만으로 시작했으나 곧이어, 중학부, 고등부, 유치원부, 영아부가 차례로 신설되었고, 2002년에는 고등부 야구단까지 창단되었다.
충주성심학교에서는 청각장애 아동을 대상으로 다양한 독서 프로그램과 보청기 등의 사용을 통해서 조화로운 학력신장을 도모하고, 다양한 정보기기를 활용한 학습방법의 개선 및 야구를 학교체육 특성화 종목으로 육성하며 활발한 국제교류를 통해서 미래를 대비한 창조적 교육을 구현하고, 진취적 품성을 함양하며, 신뢰받는 학교 경영과 균형있는 복지를 구현하는 것을 본교의 중점 교육목표로 삼아 청각장애 아동들에게 전인적 인간교육을 실현해나가고 있다.
2020년 1월 현재 유치원 제33회, 초등학교 제59회, 중학교 제49회, 고등학교 제30회, 전공과 2회 졸업식을 개최했고, 2020년 3월 현재 학생수 87명을 대상으로, 총 39명의 교직원이 교육과 행정을 담당하고 있다.
충주성심학교는 청각장애 아동의 보편적 복지를 지향하면서 전인적 인격형성과 적절한 기술교육을 겸비하도록 양성하는 가톨릭 청소년 교육기관이다.