2000년 7월 29∼31일 제1차 장관급회담 개최 이후, 2007년 6월까지 총 21차례의 회담이 개최되었다. 남북장관급회담은 2000년 6·15공동선언의 이행 및 실천과정에서 제기되는 제반문제를 협의·해결하는 중심적 협의체로서, 적십자회담, 국방장관회담, 경협 실무접촉 등 여러 분야에서 개최된 회담들에서 합의한 사항들의 이행을 총괄·조정·지원하는 역할을 수행했다. 2007년 제2차 정상회담 이후 ‘10·4 선언’의 이행을 총괄하는 협의체로 ‘남북총리회담’이 가동됨에 따라 남북장관급회담은 그동안 해오던 중심적 역할을 종료했다.
남한과 북한은 ‘6·15 공동선언’ 5항에서 “합의사항을 조속히 실천에 옮기기 위하여 빠른 시일 안에 당국사이의 대화를 개최”하기로 한데 따라, 남북 당국 간 대화를 총괄하는 성격의 대화로 남북장관급회담을 갖기로 합의했다. 2000년 7월 1차 회담을 시작으로 총 21차례 개최되었다.
△ 1차 회담은 2000년 7월 29일부터 31일까지 서울에서 개최되었다. 회담 후 장관급회담의 운영원칙을 비롯한 6개항의 ‘남북 공동보도문’이 발표되었다.
△ 2차 회담은 2000년 8월 29일부터 9월 1일까지 평양에서 개최되었다. 회담에서는 이산가족 상봉, 한반도의 긴장완화와 평화보장을 위한 노력, 남북경협의 확대 및 제도적 장치 마련, 경의선 철도 연결과 도로 개설을 위한 실무 접촉회의 개최 등이 합의되었다.
△ 3차 회담은 2000년 9월 27일부터 30일까지 제주도에서 개최되었고, 회담에서는 남북경제협력추진위원회 설치 등 6개의 사안이 합의되었다.
△ 4차 회담은 2000년 12월 12일부터 16일까지 평양에서 개최되었는데, ‘남북경협합의서(투자보장, 이중과세방지, 청산결제, 상사분쟁 해결절차)’를 포함 8개 사안이 합의되었다.
△ 5차 회담은 2001년 9월 15일부터 18일까지 서울에서 개최되었다. 회담에서는 경의선 철도 연결 등 13개항이 합의되었다.
△ 2001년 11월 9일부터 14일까지 금강산에서 개최된 6차 회담에서는 합의가 도출되지 못했다.
△ 7차 회담은 2002년 8월 12일부터 14일까지 서울에서 개최되었는데, 경추위 2차회의 개최 등의 10개 항이 합의되었다.
△ 8차 회담은 2002년 10월 19일부터 22일까지 평양에서 개최되었다. 회담에서는 북핵문제 등 8개 항이 합의되었다.
△ 9차 회담은 2003년 1월 21일부터 24일까지 서울에서 개최되었는데, 남북교류협력의 지속적 추진이 합의되었다
△ 10차 회담은 2003년 4월 27일부터 29일까지 평양에서 개최되었다. 당시 회담에서는 북핵문제의 해결 논의가 이루어졌다.
△ 11차 회담은 2003년 7월 9일부터 12일까지 서울에서 개최되었다. 회담에서는 이산가족상봉 등에 대한 합의가 이루어졌다.
△ 2003년 10월 14일부터 17일까지 평양에서 개최된 12차 회담에서는 합의가 도출되지 못했다.
△ 13차 회담은 2004년 2월 3일부터 6일까지 서울에서 개최되었다. 회담에서는 이산가족 상봉을 금강산에서 갖기로 합의했다.
△ 14차 회담은 2004년 5월 4일부터 7일까지 평양에서 개최되었는데, ‘제1차 장성급군사회담’ 및 ‘제10차 이산가족 상봉행사’ 개최에 대한 합의가 이루어졌다.
△ 15차 회담은 2005년 6월 21일부터 24일까지 서울에서 개최되었다. 회담에서는 12개 합의사항에 대한 공동보도문이 채택·발표되었다.
△ 16차 회담은 2005년 9월 13일부터 16일까지 평양에서 개최되었다. 회담 결과 6개 합의사항에 대한 공동보도문이 발표되었다.
△ 17차 회담은 2005년 12월 13일부터 16일까지 제주도에서 개최되었다. 회담에서는 9개 합의사항에 대한 공동보도문이 발표되었다.
△ 18차 회담은 2006년 4월 21일부터 24일까지 평양에서 개최되었다. 회담에서는 8개 합의사항에 대한 공동보도문이 발표되었다.
△ 19차 회담은 2006년 7월 11일부터 13일까지 부산에서, 20차 회담은 2007년 2월 27일부터 3월 2일까지 평양에서, 21차 회담은 5월 29일부터 6월 1일까지 서울에서 개최되었다. 하지만 여기서는 합의사항 없이 회담이 종료되었다.
2000년 7월부터 2007년 6월까지 총 21차례 진행된 남북장관급회담에서는 경제·사회·문화 분야의 교류협력과 인도적 문제 등은 물론 북핵 문제, 남북 간 군사문제 등 남북관계 전반에 대한 현안 문제가 논의되었다. 이 회담 과정에서 남북간 합의사항 이행과정에서 문제가 발생할 경우 이를 협의·해결하는 중심적인 역할을 남북장관급회담이 수행했다고 평가할 수 있다.