2010년 보물로 지정되었다. 응석사 대웅전에 봉안된 목조석가여래삼불좌상으로 석가여래, 약사여래, 아미타여래로 구성된 삼세불상이다. 석가여래삼불좌상은 불상조성기(佛像造成記)를 통해 1643년(崇禎 14年) 화원(畵員) 청헌(淸憲) 외 5명의 장인에 의해 제작되었음을 알 수 있다.
목조석가여래삼불좌상은 사바세계의 교주 석가여래를 중심으로 좌우에 동방유리광정토 약사여래와 서방극락정토 아미타여래 세 구로 구성되어 있다. 불상조성기에 따르면 응석사가 화재로 폐허가 된 후 경천(敬天), 극수(克修), 일휘(日輝) 등이 발원하여 법당, 승당, 요사 등을 짓고 불상을 조성하였다. 조성기에는 수화원 청헌을 비롯하여 법현(法玄), 원택(元澤), 현윤(賢允), 정혜(定惠) 등 참여한 조각 승려의 법명이 묵서되어 있다. 2003년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었으나 2010년 12월 보물로 승격되었다.
석가여래삼불좌상은 아미타와 약사로 구성된 삼세불(三世佛) 도상으로 석가는 변형 편단우견식(偏袒右肩式), 아미타와 약사는 편삼에 변형편단우견으로 입은 착의법이 특징이다. 이는 방형의 길쭉한 얼굴, 육계와 머리의 경계가 없는 둥근 머리와 더불어 17세기 불상의 보편적인 특징이다. 중앙에 위치한 석가여래는 항마촉지인(降魔觸地印)을, 약사여래와 아미타여래는 한쪽 손을 가슴 부위까지 올리고 다른 손은 무릎 위에 올려 엄지와 중지를 맞대었는데 좌우가 반대의 대칭으로 표현되었다. 세 불상은 손 모습, 대의 입는 법, 승각기 표현에서는 차이를 보이지만 안정감 있는 신체비례, 굵고도 완만한 옷주름, 사실적인 손가락 표현 등에서 동일한 특성을 보인다.
조각승 청헌의 작품은 진주 응석사 불상 이외에 1636년 전라남도 구례 화엄사 대웅전 목조비로자나삼신불좌상(국보, 2021년 지정), 1639년 경상남도 하동 쌍계사 목조석가여래삼불좌상(보물, 2003년 지정), 1641년 전북특별자치도 완주 송광사 대웅전 소조석가여래삼불좌상(보물, 1997년 지정) 등이 있다.
진주 응석사 목조석가여래삼불좌상은 1643년이라는 정확한 제작 시기는 물론 발원자, 제작자 등이 정확하게 밝혀진 작품이다. 불상을 제작한 청헌은 충청도와 전라도, 경상남도 지역에서 활발하게 활약했던 조각승으로 이 불상은 그의 거의 마지막 작품에 해당된다. 응석사 목조석가여래삼불좌상은 조각승 청헌의 불상 양식과 17세기의 시대적 특징이 잘 반영되어 있는 우수한 작품이다.