고려시대의 선세(船稅)는 염세(鹽稅)·산세(山稅)·어량세(魚梁稅) 등과 함께 잡세(雜稅)로 분류된다. 어선(漁船)은 물론이고 조운선(漕運船)도 징세의 대상이었다. 그러나 배가 없는 연해안 주민에게 부과되기도 하여 이를 피하려는 주민의 도망으로 조운이 정지되는 경우도 많았다.
언제부터 징수하기 시작하였는지는 알 수 없으나, 고려 전기에 궁원(宮院)이 특권적으로 향유하던 어업권으로서의 주즙(舟楫)이 무신집권기 이후 폐지되고 선세로 전환되었다고 이해된다. 실제로 고종 연간에 금주(金州)와 홍주(洪州) 등지에서 선세를 거둔 사실이 확인된다. 특히 충혜왕 때에는 새로 설립한 보흥고(寶興庫)의 재원을 확충하기 위해 이의 징수를 한층 강화했는데, 선세로 거둔 재화가 거만에 이르러 이를 수송하다 패사한 소와 말이 속출할 정도였다. 군·현(郡縣) 단위로 부과·수취되었는데, 과세 기준과 액수는 전하지 않아 알 수 없다.