1918년 8월 27일 개성에서 출생하였다. 이영세에게 바이올린을 배우고 경기고등학교를 졸업한 후 1936년에 일본으로 유학, 동경예술대학과 대학원을 졸업하고 1942년부터 1년간 동경예술대학의 강사로 임용되었다. 1943년 귀국하여 개성 호수돈여고 교사를 지냈으며 1945년 이화여자대학교 교수, 1946년부터 1950년까지 음악대학 교수로 재임하였다.
1952년 프랑스 파리 국립음악원으로 유학 1954년 디플롬을 취득하고 1961년 미국 뉴욕타운홀에서 리사이틀을 가졌다. 1962년 파리 파들루 교향악단 단원, 1963년 파리 콜론느 교향악단 단원, 1964년 독일 W.S.O 오케스트라의 악장으로 활동하였다.
1970년 귀국하여 경희대학교 음악대학 학장을 거쳐, 1972년 서울대학교 음악대학교 교수로 부임하여 1980년부터 1983년까지 동교의 학장으로 재임하였다. 1983년 20여 명의 여제자로 구성된 마드리실내악단을 창단하여 단장 겸 지휘자를 역임하였으며 마드리실내악단은 2013년 창립 30주년 기념 연주회를 개최하는 등 그 명맥을 이어오고 있다.
박민종은 「바이올린과 피아노를 위한 조곡」 두 곡과 무반주 바이올린 곡, 「소나티네」 등의 작품을 남겼다.
1981년 대한민국 예술원 음악분과의 회원이 되었으며 1983년 예술원 음악분과 위원장을, 1985년 예술원 음악분과 회장직을 역임하였다.
1980년 대한민국 예술상, 1981년 문화예술상, 1984년 올해의 음악가상, 1987년 월간음악 본상, 보관문화훈장, 1993년 국민음악상, 1998년 3ㆍ1 문화상 등을 수상했다.