이 상은 만당(晩堂)이혜구(李惠求)가 1995년 제2회 방일영국악상 수상금을 희사한 금액을 바탕으로 삼았고, 일부는 모금을 하여 조성되었다. 모금에 동참한 이들 중에는 바바라 스미스 같은 외국인 학자도 포함되었다. 1998년부터 2012년까지 10명의 수상자를 배출하였다.
국악학계의 대표적인 학술상의 하나로, 논문과 저술활동이 뛰어난 만45에 이하의 학자에게 시상한다. 2011년 4월부터 한국국악학회에서 이 상을 관할하게 되었다.
수상자 선정은 ‘이혜구학술상위원회’의 심의과정을 거쳐 결정된다. 이혜구 학술상 제정 당시 운영위원장은 이성천이었고, 운영위원은 권오성, 송방송, 이병원, 이보형, 이상만, 이재숙, 한명희, 황병기, 황준연이었다. 한국국악학회로 이관된 후 〈이혜구학술상위원회〉는 5인의 위원으로 구성되며, 위원 중 1명은 한국국악학회 이사장이 당연직으로 하는 방식으로 변화되었다.
격년제로 운영되기 때문에 2년간의 연구성과만을 심사한다. 상금은 300만원이다. 역대 수상자 명단은 다음과 같다. 제1회 김종수 ‧ 이숙희, 제2회 김성혜, 제3회 송지원, 제4회 이진원, 제5회 이용식, 제6회 김혜정 ․ 헤슬링크, 제7회 김세종, 제8회 문주석이다. 이들은 『시악화성(詩樂和聲)』공역과 『신간소왕사기(新刊素王事記)』번역을 비롯하여 신라 토우, 정조의 음악정책, 중국 희극과 한국 창극의 교류에 관한 연구 등의 성과를 인정받아 수상하였다.