보은사는 삼년산성 북문지(北門址) 안쪽에 위치한 사찰로 1902년(광무 6) 박경하(朴鏡荷) 스님이 창건한 사찰이며, 석조 여래입상은 일제강점기 보은읍 대야리 미륵댕이 산에서 옮겨온 것이라고 한다. 현재 보은사 법당에 본존불과 별도로 봉안되어 있으며 목과 허리부분이 훼손되어 현재 3부분을 시멘트로 접합한 상태였으나 전문가에 의해 다시 복원되었다. 2009년 충청북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.
이 석조여래입상은 어색한 불두와 불신을 합쳐 놓은 상태인데 머리부분은 원래의 상을 다듬는 과정에서 변모된 것이라고 한다. 불신에는 통견의 대의를 입고 반복되는 U형의 옷주름이 배 밑 까지 늘어져 있는데 전체적으로 자연스러운 모습을 보인다. 두 손은 가슴으로 모았는데 오른손과 왼손의 3, 4번째 손가락을 구부려 전법륜인(轉輪法印) 처럼 보인다. 목에는 삼도(三道)가 뚜렷하며 군의 밑으로 발가락이 표현되었다.
보은사 석조여래입상은 깨진 불두와 불신을 붙혀 놓은 것으로 전체적으로 어색하고 수인의 모습도 정확하지 않은 작품이다. 그러나 통견식 대의와 옷주름은 자연스러운 편으로 고려시대의 작품으로 추정된다.