2009년 10월 9일에 천연기념물로 지정되었다. 전라남도 진도군 조도면 하조도에서 동남쪽에 위치한 동거차도의 동쪽 해안 절벽부에 있다. 위치는 북위 34°14′31.8″, 동경 125°57′11.3″에 해당한다. 지정 면적은 약 63,450㎡이다.
페페라이트(peperite)는 퇴적작용과 화성활동, 특히 마그마의 관입이나 용암의 유출이 동시에 일어나는 경우에 종종 만들어진다. 페페라이트는 지각을 뚫고 여러 갈래의 암맥 형태로 상승하던 규질 또는 산성질 마그마가 지표 가까이 쌓여있던 화산재와 혼합되어 생성된 것이다.
용암 또는 마그마가 물로 포화된 퇴적물을 피복하거나 관입할 때 마그마 주변의 암석에서는 유리질 파편으로 구성된 페페라이트가 형성된다. 암석 표면이 후추(pepper)를 뿌려놓은 것처럼 보인다고 한 것에서 그 명칭이 유래되었으며 이에 따라 ‘후추암’으로도 불리기도 한다. 따라서 과거 지질 활동의 성격과 시기를 해석하는데 큰 도움을 주기도 한다.
진도 동거차도 구상 페페라이트는 규질 암맥이 둥근 단괴 모양으로 떨어져 나온 모습을 하고 있다. 특히 이곳의 페페라이트는 페페라이트로서의 일반적인 중요성뿐만 아니라 규질 페페라이트의 형성 과정을 이해하는데 있어서도 중요한 학술적 가치를 지니고 있다.
또한 야외에서 산출되는 경우가 드물어 이 지역 일대의 페페라이트는 희소성이 높은 지질경관으로 최근에 지질경관자원으로 개발하여 교육관광에 널리 활용되고 있다.