물향기수목원은 예로부터 맑은 물이 흐르는 곳이라 하여 붙은 수청동(水淸洞)이라는 이곳 지명에서 유래한 명칭이다. 물과 나무와 인간의 만남이라는 주제로 2000년부터 2005년까지 조성되어 2006년 5월에 개원하였다.
수목원의 규모는 34만㎡이다. 가시연꽃, 미선나무 등 총 1,700여 종이 전시되어 있으며, 1,752종의 수목유전자원을 보유하고 있다.
물향기수목원은 지역 및 식물의 특성별 주제원을 조성하고 있다. 무궁화의 다양한 품종을 모아놓은 무궁화원, 나무로 만든 미로의 중앙까지 갔다가 다시 나오는 게임을 할 수 있는 미로원, 식물을 인공적으로 다듬어 작품화한 토피어리원, 우리나라 중부지역에 자생하는 식물을 중심으로 조성된 중부지역자생원, 나무로 만든 길을 따라가면서 습지를 관찰할 수 있는 습지생태원 등 총 19개의 테마로 구성된 주제원이 있다.
수목원 내에 지상 2층, 지하 1층 규모의 전시관이 있다. 특별상설전시관, 3개의 상설전시실, 영상회의실 등을 갖추고 있는데, 숲의 생명력, 숲과 인간, 습지의 생태, 산림의 혜택, 체험과 참여 등을 주제로 전시를 하고 있다.
계절별에 따라 봄에는 개나리, 산수유, 진달래, 목련, 생강나무 등 목본과 할미꽃, 노루귀, 양지꽃, 피나물, 현호색 등의 초본이 전시된다. 여름에는 이팝나무, 쪽동백, 조팝나무, 때죽나무 등 목본과 참나리, 매발톱, 둥굴레, 기린초, 은방울꽃 등 초본, 그리고 연, 수련, 부처꽃 등 수생식물이 전시된다.
가을에는 구절초, 국화, 벌개미취, 쑥부쟁이 등이 전시되며, 유실수원에서 감나무, 밤나무, 대추나무 등의 열매를 관찰할 수 있다. 주요 건축물로는 물방울 온실, 산림전시관, 난대·양치식물원, 방문자센터 등이 있다.
특이한 것은수목원에 휴지통이 설치되어 있지 않아 발생된 쓰레기는 방문자가 회수해야 한다. 전체적으로 산책로가 잘 정비되어 유모차나 휠체어를 이용하기에 편리하며 곳곳에 휴식공간이 마련되어 가족과 함께 즐길 수 있는 수목원이다.
물향기수목원과 연계하여 산림자료를 수집·보존관리하고 도민의 산림교육을 강화하며 산림자원을 미래의 중요산업으로 인식하는 계기를 마련하기 위해 2007년 6월 27일에 경기도립산림전시관을 수목원 내에 개관하였다.