정남진수목원은 한국의 100대 명산 중 하나인 천관산 자락에 위치해 있다. 규모는 6만㎡이고, 우리나라의 정남쪽에 자리 잡고 있다. 한국을 대표하는 난대전문수목원으로의 위상을 정립하고, 기후변화에 대응하는 수종 연구개발을 통한 식물 유전자원을 보전하며 남부지방 전통과 문화가 살아있는 수목원으로서 식물산업과 지역경제발전에 기여 및 향토수종 보전∙증식∙보급∙확대를 목적으로 설립되었다.
1986년에 난대수종 수목을 증식하여 보급하였고, 2009년 6월에 멸종위기식물보전센터를 개관하였다. 이를 통해 멸종위기식물∙한국특산식물∙희귀식물에 대한 종합적인 보전∙연구를 위한 기초를 마련하였고, 2013년 8월에 정남진수목원으로 정식 개원하였다.
정남진수목원은 황칠나무·녹나무·후박나무 등 교목 530여 종, 관목 450여 종, 초본류 550여 종과 1,143종의 수목유전자원을 보유하고 있다. 주요 주제원은 일반수목원, 황칠원, 후박원, 화목원, 들풀원 등 전체 18개로 구성되어 있다.
일반수목원은 노거수들을 비롯하여 수형이 아름다운 수목들로 구성되었는데, 4,000㎡의 면적에 120여 종의 수목이 전시되어 있다. 황칠원에는 2,500㎡의 면적에 황칠나무 4,500주가 전시되어 있다. 예로부터 황칠나무는 고급천연도료로 사용하거나 우리 몸에 이로운 약리작용을 하는 것으로 알려져 있다.
후박원은 상록성 목련의 하나인 후박나무가 숲을 이루고 있는 곳으로, 잘못 알려진 일본목련과 직접 비교할 수 있도록 관리하고 있다. 2,500㎡의 면적에 후박나무 6종 500주가 전시되어 있다. 난대상록수원은 우리나라 섬 지역과 남해안 일대의 난대지역에 자생하고 있는 상록수를 수집·전시한 곳이다. 이곳은 사시사철 푸르름과 아름다운 향기를 느낄 수 있는 곳으로 2만 9000㎡의 면적에 30여 종의 수목이 식재되어 있다.
이 외에도 초본성 독성식물을 전시·관리하는 독성식물원, 세계 각국에서 아름다운 꽃과 향기를 자랑하는 화목류(花木類)를 전시하는 화목원, 농경지와 전국의 산야에서 자생하고 있는 들풀을 전시하는 들풀원 등이 있다.