신라시대부터 왕실을 중심으로 족내혼이 행해졌다. 신라 중고기 진흥왕은 법흥왕의 동생인 입종갈문왕과 법흥왕의 딸인 지소태후 사이에서 태어났다. 또한 진흥왕의 아들인 동륜태자는 진흥왕의 여동생과 혼인을 하였다. 김유신은 누이동생인 문명왕후와 태종무열왕 사이에서 태어난 지소부인과 혼인을 하여 왕실과 귀족 가문을 중심으로 족내혼이 성행했음을 알 수 있다.
신라 왕실에서 계속되어 온 족내혼 풍습은 태조 즉위 후 과도기를 거쳐 고려초 왕실혼인으로 새롭게 자리를 잡았다. 태조 왕건의 아들로 고려 4대 왕으로 즉위했던 광종은 역시 태조의 딸인 대목왕후와 혼인을 하여 고려시대에는 어머니가 다른 이복남매까지도 혼인이 이루어졌음을 알 수 있다. 고려중기부터 유교의 영향으로 족내혼에 대한 규제가 나타나기 시작하다가 원간섭기인 1309년(충선왕 즉위년)에 족내혼을 금하는 법령을 내리기도 하였다. 공민왕의 반원정책과 더불어 일시 부활되었다가, 공민왕 사후 정국이 어려워지고 고려가 멸망함으로써 왕실 족내혼은 역사에서 자취를 감추게 되었다.
족내혼은 혈통의 순수성 유지와 권력이나 경제력을 다른 종족에게 분산시키지 않기 위한 의미를 가지고 있다.