한국정신대문제대책협의회(이하 정대협)가 그 부설기관으로 건립하였다. 일본군 ‘위안부’ 피해자의 관점으로 전쟁과 여성인권의 역사를 전시하고 교육하며, 문제 해결을 위해 활동하는 박물관이다.
전쟁과 여성인권박물관은 일본군 ‘위안부’ 피해자를 추모하고, 현재에도 지속되고 있는 전쟁과 무력갈등 하의 여성에 대한 폭력 문제를 제기하며, 그 치유책을 모색하는 공간이다. 일본군 ‘위안부’ 피해자의 경험을 기억하고 교육하며, ‘위안부’ 문제 및 전시 성폭력 문제를 해결하고자 설립되었다.
1990년 11월에 설립된 정대협은 일본군 ‘위안부’ 문제 해결의 방안으로 일본정부에게 역사교육과 추모비 및 사료관 건립을 요구해 왔다. 1994년부터는 정대협 자체의 사료관 건립을 계획하고 자료 수집, 건립 기금 모금, 부지 섭외 등에 들어갔다. 1999년 3월 3일 사료관 건립의 제1차 단계로서 정대협 사무실 내에 교육관을 개설하고 작은 전시와 시민 교육 공간으로 활용하였다.
2000년 일본군성노예전범여성국제법정을 치르고 난 후 정대협은 전쟁과 여성인권의 역사와 현황을 보여줄 수 있는 박물관 건립을 위해 박차를 가하였다. 2003년 12월 18일 <돌아가신 일본군'위안부' 할머니를 위한 추모제>를 여는 동시에 ‘일본군 ‘위안부’ 명예와 인권의 전당’ 건립사업 점화식을 거행하였다. 2004년 12월 16일에는 ‘전쟁과 여성인권 박물관 건립위원회’ 발족식을 열고, 박물관 건립 활동을 본격적으로 시작하였다.
정부의 재정 지원과 지방자치단체의 부지 기부가 성사되지 않아 박물관 건립은 온전히 기부금과 모금에 의존하게 되었다. 박물관 건립 기금을 냈던 ‘위안부’ 피해 여성들이 별세하고 있는 상황에서 정대협은 2011년 2월 건물 매입을 통해 박물관을 만들기로 결의하고, 서울 마포 성미산 자락의 주택을 리모델링하여 2012년 5월 5일 박물관을 개관하였다. 그 과정에서 국내외 시민과 단체들이 광범위한 기부 및 지원활동을 전개하였으며, 뜻있는 건축인들이 민주적이고 개방적인 방식으로 박물관 설계에 참여하기도 하였다.
박물관은 일본군'위안부' 문제 및 전 지구적인 성폭력 문제를 관람하고 사유할 수 있는 전시공간과 자료실의 역할을 하는 아카이브 공간, 고인이 된 일본군 ‘위안부’ 피해자를 추모할 수 있는 추모공간으로 구성되어 있다. 전시공간에는 일본군 ‘위안부’ 피해의 역사 및 그 문제 해결을 위한 운동사가 전시되어있다. 또한 시민들을 대상으로 전쟁과 여성인권 관련 교육을 하고, 일본군 ‘위안부’ 문제 해결을 위한 운동도 전개하고 있다.
일본군 ‘위안부’ 문제를 중심으로 과거와 현재를 잇는 전쟁과 여성인권, 평화 문제를 제기하고 그 해결방법을 모색하고 실천하는 박물관이다.