6‧25 한국전쟁 직후 우리나라는 주식인 쌀의 부족이 극심했던 상황에서 주로 미국에서 들여오는 밀을 가공하여 국민에게 공급할 필요성이 있었다. 이러한 상황에서 사조동아원의 전신인 ㈜조선제분은 우리나라에 밀가루를 공급하기 위해 설립되었다.
㈜사조동아원은 1953년 11월에 조선제분주식회사로 설립되어 1957년 5월에 조선제분 공장을 준공하였으며, 1963년 11월에는 조선제분 부산 배합 사료 공장을 준공하였다. 1968년 7월에는 동아제분주식회사로 상호를 변경하였으며, 1975년 6월에는 부산수산냉동주식회사와 합병하였다. 1972년 11월과 1975년 11월에는 각각 은탑 산업 훈장과 수출 유공 국무총리 표창을 수상하였다. 1980년 10월에는 소맥분 판매량이 월 100만 포대를 돌파하였으며, 1982년 11월에는 부산에 프리믹스 공장을 신설하였다. 1987년 11월에는 2000만 불 수출탑을 수상하였고, 1990년 12월에는 매출 1000억을 달성하였다. 2000년 8월에는 제분 중앙 연구소를 설치하였고, 2004년 2월에는 인천 공장 메밀 공장을 준공하였으며, 2007년에는 ISO 22000, ISO 9001 인증을 획득하였다. 2008년 5월에는 우리밀을 출시하였고, 2009년 11월에는 동아원으로 상호를 변경하였다.
2010년 4월에는 말레이시아에 양어 사료를 처음으로 수출하였고, 2013년 9월에는 동아원 당진 공장을 준공하였다. 2016년 3월에는 사조동아원주식회사로 상호를 변경하였고, 2017년 2월에는 거창 공장을 매각하고 사조펫푸드 ‘옵티원‘ 브랜드를 출시하였다. 같은 해 9월에는 한국제분을 합병하였다. 2018년 9월에는 한국산업을 합병하였으며, 2020년 1월에는 사조펫푸드 ’벤티‘ 브랜드를 출시하였다. 가장 최근인 2022년 말을 기준으로 하여 자본금은 705억 원, 총 자산은 4,488억 원, 연간 매출액은 4,153억 원이다. 종업원은 정규직, 기간제, 그리고 파견 근로자를 모두 합쳐 368명이다. 본사는 서울특별시 서초구 방배천로2길에 있다.
㈜사조동아원의 2022년 말 주요 사업은 사람을 위한 제분 사업, 가축 및 양식 어류를 위한 생물 자원 사업, 그리고 반려동물을 위한 펫 푸드 사업으로 구성되어 있다. 주요 제품의 구성 비율은 제분이 82%로 주를 이루고, 생물 자원이 18.3% 등이다. 관계 회사로는 농업 회사 법인 ㈜사조원, ㈜삼아벤처, ㈜사조씨앤씨, ㈜캐슬렉스서울, ㈜사조시스템즈, 사호축산영농조합법인, ㈜캐슬렉스제주, 농업회사법인동화농산㈜, 농업회사법인 ㈜사조농산, ㈜사조대림, ㈜사조오양, 사조산업㈜, 사조씨푸드㈜, ㈜사조비앤엠, ㈜사조랜더텍 등이 있다.