원료, 중간재(中間財) 및 자본재(中間財)의 부족으로 기업들의 생산 활동이 정체되었던 한국 정부의 입장에서 경제 부흥을 위해서는 식민지기의 경제 관계를 고려할 때 일본과의 무역을 재개하는 것이 필요했고, 일본을 동아시아의 중심 국가로 상정했던 연합국 최고사령부(SCAP) 역시 한일 무역 재개가 필요하다고 생각하여 한일통상협정 체결을 위한 회담을 추진하였다.
한일통상협정 체결을 위한 회담은 1949년부터 1951년까지 총 4 차례 개최되었다. 제1차 한일통상협정 회담은 1949년 3월 10일부터 3월 22일까지 개최되었고, 1949년 10월에 열린 제2차 한일통상협정 회담은 제1차 회담의 후속 조치로 개최되었으며, 제3차 한일통상협정 회담은 1950년3월 27일에서 4월 10일까지 개최되었고, 제4차 한일통상협정 회담은 1951년 3월에 개최되었다. 이와 같이 한일통상협정 회담이 약 1년마다 개최된 것은 한일통상협정의 유효기간이 1년이었기 때문이다. 또한 이 4 차례의 회담 중에서 한일통상협정의 특징을 가장 잘 보여 주는 회차는 1950년에 개최된 제3차 한일통상협정 회담이다.
한일통상협정 회담에서 논의된 가장 중요한 쟁점은 ① 한국에 제공될 것으로 예정된 혹은 제공되는 경제협조처(ECA) 원조자금으로 일본 제품을 구매할 것인지, ② 한국과 일본의 무역품과 금액을 어느 정도로 설정할 것인지, ③ 무역에 따른 결제는 어떤 방식으로 할 것인지와 같이 세 가지였다.
①번 문제는 1949년 한일통상회담의 가장 중요한 쟁점 중의 하나였는데, 일본을 대표한 연합국 최고사령부는 경제협조처의 원조 자금으로 일본 제품 구매를 강력히 원한 반면, 한국 정부는 이것을 반대하였다. 결국 이 문제는 1950년 한일통상회담에서 다시 논의되었지만 두 국가의 의견이 좁혀지지 않아 한국의 미곡과 함께 한일통상협정의 적용 대상에서 제외시키기로 결정하였다.
따라서 한일통상협정 회담에서는 ②번, 즉 무역협정과 ③번, 즉 재정협정 중심으로 논의되었다. 무역협정 관련해서 가장 중요한 것은 어떤 상품을 얼마만큼 수출하고 수입하느냐를 결정하는 것이었다. 외환이 부족했던 한국 정부는 농산물, 광산물, 수산물, 과실류 등 국내에서 수출할 수 있는 것을 최대한 수출하려고 한 반면, 연합국 최고사령부는 일본에서 수요가 많은 미곡이나 광산물 이외의 수출품은 승인하지 않으려고 했다. 이와 같이 교역품에 대한 한일 간의 인식 차는 쉽게 좁혀지지 않아 회의 때마다 계속 논란이 되었다.
결제 방식을 결정하는 재정 협정 논의에서도 쉽게 합의되지 않았다. 한국과 일본의 외환 보유액이 적어 달러 결제가 쉽지 않았다는 점과 한국은 수출보다 수입이 큰 반면, 일본은 수입보다 수출이 훨씬 커서 두 나라 사이의 무역수지(貿易收支) 차가 매우 컸다는 점 때문이다. 이런 상황에서 초기에는 긴급품에 대해서는 달러 결제, 비긴급품에 대해서는 에스크로(escrow) 결제 등의 방안이 제기되었으나 미곡과 경제협조처 원조 자금이 한일통상협정의 적용 대상에서 제외됨에 따라 청산 계정(淸算計定) 설정과 사후 달러 정산 방식, 다시 말하면 매월 말 순 잔액이 200만 달러를 초과한 부분에 대해서만 달러로 결제하기로 최종 결정되었다.
한일통상협정 체결의 직접적인 효과는 주요 무역 상대국이 홍콩에서 일본으로 변경되었다는 점이다. 미군정기(美軍政期)는 물론 정부 수립 이후인 1949년까지만 하더라도 가장 중요한 무역 상대국은 홍콩, 중국 등이었으나 1950년과 1951년에는 일본으로 변경되었다. 그러나 이 추세는 지속되지 못했는데, 한국의 수출보다 일본으로부터의 수입이 더 많아 무역수지 적자가 계속 확대된 것이 중요한 영향을 미쳤다. 한국 정부는 이런 문제를 해결하기 위해 1954년 4월에 일본에 수출한 금액에 한정하여 수입해야 한다는 '수지균형방침'을 공표하였고, 그 결과 한일무역은 크게 위축되었다.