1298년(충렬왕 24)에 도부서(都部署)를 두어 도진사(都津司)의 임무를 관할하게 하였는데, 1390년(공양왕 2)에 이를 혁파하여 사수서(司水署)를 설치하였다가 곧이어 사수시로 개칭하였다. 소속 관원으로 판사(判事) · 영(令) · 부령(副令) · 승(丞) · 주부(注簿) 등과 더불어 1391년에 관선전군도 설치하였다. 하지만 1392년(공양왕 4) 고려가 멸망함으로써 사수시의 존재는 그다지 의미를 지니는 관서가 될 수 없었다.
조선시대에는 1403년(태종 3) 사수시의 후신인 사수감(司水監)이 사재감(司宰監)에 흡수되면서 주로 조운(漕運)을 담당한 것으로 보인다. 1415년(태종 15) 보충군(補充軍)의 창설로 사재감의 수군이 보충군 소속으로 이관되었는데, 관선전군이 이때 보충군에 속하였는지 조군(漕軍)에 속하게 되었는지는 분명하지 않다. 관선전군은 처음의 설치 목적과는 달리 조운의 역(役)에 동원되는 수군(水軍)을 담당하였으며, 조운의 물량이 많을 때는 양민(良民)의 배도 강제징발하는 등 민폐를 많이 끼쳤다.
관선전군의 임무 변천은 고려 말 왜구(倭寇)의 토벌을 위하여 조직된 수군이 결국 과중한 역에 시달리면서 신분은 양인이나 부과된 역은 천역이 되는 신량역천화(身良役賤化)하는 과정과 일치하는 것이다.