고려시대 별초(別抄)의 편성은 중앙군에도 있었지만 지방군에도 있었다. 별초의 기원은 숙종(肅宗) 때 편성된 별무반(別武班)에서 찾을 수 있다.
별무반은 그 편성이 임시적이고 선취적(選取的)이며 기동적인 특수부대로서 별초의 성격에 그대로 부합되는 것이다. 별초에 대한 기록은 무신정권시대인 1174년(명종 4) 이후에 많이 보이는데, 별초·경주별초군(慶州別抄軍)·전봉별초(戰鋒別抄)·경주별초(慶州別抄)·신기군(神騎軍) 또는 신기반(神騎班)·야별초(夜別抄)·좌별초(左別抄)·우별초(右別抄)·신의군(神義軍) 등이 기록에 보인다.
이 가운데 신기군은 별무반의 한 부류인 것이 분명하여, 이것을 보면 별무반은 후세 별초 편성에 근본적인 영향을 준 것 같다. 한편, 경주별초 또는 경주별초군과 같은 명칭으로 미루어보아 지방군에도 있었던 것을 알 수 있고, 전봉별초처럼 기능에 따라 여러 구분이 있었던 것도 알 수 있다. 야별초나 삼별초(三別抄) 등도 별초의 일종이다.