정면 3칸, 측면 3칸의 2고주 5량집 구조의 겹처마 맞배지붕건물. 1993년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.
신라 헌강왕 11년(885) 조구선사(祖丘禪師)가 창건하였다고 전하는데, 보석사라는 이름은 절의 앞산에서 금을 캐 불상을 만들었다는 데서 붙여진 것이다.
급한 구릉에 가운데 마당을 두고 대웅전을 비롯한 전각들이 ‘口’자 모양으로 배치되어 있다. 대웅전 측면에는 풍판(風板 : 비바람을 막기 위하여 박공널 밑 바로 안쪽에 널판장처럼 댄 널)을 달아 두었으며, 전내에는 중심에서 뒤로 조금 물러나 불단을 설치하고, 석가모니불 · 관세음보살 · 대세지보살의 불상을 안치했다.
불상 상부에는 간단한 닫집을 천장에 달았다. 기단은 사괴석(四塊石)으로 여러 단을 쌓아 만들고 가운데 계단을 설치하였고, 초석은 자연석 덤벙주초를 썼다. 기둥은 모두 약한 배흘림이 있는 두리기둥을 세웠다.
공포는 내외 삼출목 다포식으로 짜올렸는데 기둥 사이의 공간포는 각 칸에 1조씩 설치하였다. 외부로 뻗은 살미 끝은 쇠서[牛舌]모양으로 하고 내부는 운공(雲工)으로 처리하였다.
기둥 밖으로 나온 창방 뺄목 아래에는 하단부를 연화두(蓮花頭) 모양으로 조각한 뺄목받침을 끼워두었다. 내부 천장은 종보 윗부분에 맞추어 우물천장을 설치하고, 실내 바닥은 우물마루로 짰다.
정면 어간(御間:가운데칸) 창호는 띠살문 4분합이고, 양 협간에는 띠살문 3분합이다. 양 측면에는 정면쪽으로 하나씩 띠살 홑문을 달았으며, 건물 내외부에는 선모루단청을 하였다.
이 사찰은 깊은 골 안에 입지하고 있어 대지가 협소하다. 극락전은 이러한 입지조건에 맞춘 때문인지 건물의 외형은 단아하고 소박한 모습이다. 그러나 작은 규모이면서 다포식으로 공포를 짜고 선모루단청을 하여 경내에서 중심건물의 품격을 지니도록 하였다.