대한불교조계종 제25교구 본사인 봉선사(奉先寺)의 말사이다. 이 절은 일찍이 서거정(徐居正)이 동방 사찰 중 제일의 전망이라고 격찬한 명당으로도 이름이 높다.
창건연대는 확실하지 않으나, 1439년(세종 21) 세워진 정의옹주(貞懿翁主)의 부도가 있는 것으로 보아 그 이전에 창건된 것으로 추정할 수 있다. 1459년(세조 5)에는 왕명으로 크게 중창되었다.
금강산에 다녀오던 길에 왕은 이수두(현재의 양수리)에서 1박을 하였는데, 한밤중에 종소리가 들려오므로 날이 밝자 산으로 올라갔다. 한 암혈(巖穴) 속에서 16나한(羅漢)을 발견한 왕은 굴속에서 물 떨어지는 소리가 암벽을 울려 마치 종소리처럼 들려온 것임을 알고, 여기에 절을 짓게 하고 수종사라 하였다. 이 때 5층의 돌계단을 쌓아 터를 닦고 절을 지어 16나한을 봉안하는 한편, 5층 석탑을 세우도록 하였다.
그 뒤 퇴락한 절을 1890년(고종 27)에 혜일(慧一)이 고종에게 8,000냥을 하사받아 중창하였다. 다음해 다시 4,000냥과 금백홍사(金帛紅絲: 황금과 비단 및 홍실 등의 재물)를 시주받아 사존불(四尊佛)을 개금(改金)하였는데, 이 때 방광(放光)이 있었다고 한다.
1939년에 태욱(泰旭)이 중수하고, 6·25전쟁 때 불타버린 뒤 1974년 주지 장혜광(張慧光)이 대웅보전(大雄寶殿) 등을 복원하였다. 1981년에 대응이 산신각 · 종각 등을 중건하여 오늘에 이른다.
현존하는 당우로는 대웅보전을 중심으로 응진전(應眞殿) · 약사전(藥師殿) · 산신각 · 종각 · 경학원(經學院) · 요사 등이 있다. 중요문화유산으로는 1963년 보물로 지정된 수종사부도내유물과 1972년 경기도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 수종사 오층석탑이 있다.
청자항아리[靑磁壺] · 금동구층탑(金銅九層塔) · 은제도금육각감(銀製鍍金六角龕)이 한 조가 된 부도내유물은 현재 국립중앙박물관에 보관되어 있다. 팔각오층석탑은 1957년에 해체하였는데, 세 곳의 원공(圓孔)에서 금동불(金銅佛) 18구가 발견되어 현재 국립중앙박물관에서 소장하고 있으며, 1493년(성종 24)에 쓴 발원문이 있어 건탑(建塔)의 연대추정에도 참고가 된다.