2007년 제주특별자치도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 불상은 높이 34.3㎝, 무릎 폭 26.5㎝. 아미타불좌상에서 발견된 발원문을 통해 1661년(현종 2) 압성(鴨城) 백양산(白羊山) 약사암(藥師菴)에 봉안하기 위해 운혜(雲惠)와 상전(尙全)이 아미타불좌상을 조성한 사실을 알 수 있다.
목조여래좌상은 높이 34.3㎝의 중소형으로, 오른손을 살짝 들고 왼손은 가부좌한 발 위에 올려놓은 자세를 취하였고 양손 모두 엄지와 중지를 결하고 있다. 원형의 두상에 반원형 정상계주와 원통형 정상계주가 빼곡하게 조각된 나발들 사이에 조각되어 있다. 아미타불좌상의 상호는 반개한 눈, 우뚝 솟은 코, 넓은 인중과 양 끝이 살짝 올라간 입술로 구성된다. 목 아래에는 삼도(三道)가 희미하게 새겨져 있다.
목조아미타불좌상은 승각기, 편삼, 대의를 걸친 전형적인 조선 후기 착의법을 따르며 옷주름은 간략한 선으로만 표현되었다. 가슴 중앙 승각기는 가지런히 주름이 접힌 형태이고, 하반신에는 4가닥의 큰 주름이 부챗살처럼 펼쳐진 형태로 조각되어 있다. 이처럼 부챗살처럼 펼쳐진 옷주름 형태는 17세기 중 · 후반 주로 전라남도에서 활동한 운혜의 기년명(紀年名) 불상에서 공통적으로 발견되는 특징이다.
조각승 운혜는 17세기 중 · 후반 전라남도 일대 사찰들의 불상들을 주로 조각한 조각승이다. 현재까지 알려진 그의 기년명 불상들로는 1650년 해남 서동사 목조석가삼존불좌상, 1665년 곡성 도림사 목조아미타불좌상, 1667년경 화순 쌍봉사 명부전 목조지장보살삼존상 및 시왕상 일괄 등이 있다. 월계사 목조아미타불좌상은 운혜의 활동을 확인할 수 있는 작품으로 그의 조각 양식의 발전과정을 살펴볼 수 있는 귀중한 작품이다.