2007년 제주특별자치도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 불상 높이 38.5㎝, 무릎 폭 25.5㎝. 석가여래좌상에서 발견된 조성발원문을 통해 조각승 진열(進悅)이 조성한 불상이라는 사실을 알 수 있지만, 원봉안처 및 제작시기에 대한 기록은 남아있지 않다. 발원문 외에도 후령통(喉鈴筒), 분철된 『대방광불화엄경소초(大方廣佛華嚴經疏鈔)』와 「제불보살복장진언(諸佛菩薩腹藏眞言)」등이 발견되었다.
목조석가여래좌상은 높이 38.5㎝의 중소형으로, 고개를 살짝 숙인 머리에는 구분이 불분명한 육계와 반원형 중앙계주와 원통형 정상계주가 나발들 사이에 조각되어 있다. 상호는 반개한 얼굴에 나지막한 코, 미소를 머금은 입술로 구성된다. 복식 형태는 변형된 편단우견식으로 오른쪽 어깨를 가렸지만, 오른팔은 드러나 있다. 수인은 항마촉지인을 취하고 있으며 왼손은 엄지와 중지를 맞대어 무릎 위에 올려놓았다.
목조석가여래좌상에서 출토된 복장물은 발원문 1매, 후령통, 분철된 『대방광불화엄경소초』권5와 권17이 각각 77매와 70매, 「제불보살복장진언」 9매가 있다. 발원문을 통해 성환이 돌아가신 아버지 가선대부 이무생과 어머니 안경덕을 위해 조성한 사실을 알 수 있다[大施主嘉善大夫性還比丘伏爲 亡父通政大夫李武生 亡母安氏景德]. 그리고 발원문 내용과 비슷한 내용의 묵서가 불상의 바닥에도 적혀 있는데, 내용은 다음과 같다. “평생지원위부모 불시주가선대부성환비구복위 망부통정대부이무생영가 망모안씨경덕(平生至願爲父母 佛施主嘉善大夫性還比丘伏爲 亡父通政大夫李武生靈駕 亡母安氏景德)”이다.
진열은 17세기 후반에서 18세기 초반에 활동한 대표적 조각승으로 현재 그가 조성한 불상들로는 1706년 곡성 서산사 관음보살좌상, 1713년 고양 상운사 아미타삼존불, 1722년 부산 범어사 관음보살좌상 등이 있다. 용문사 목조석가여래좌상은 진열의 활동을 확인할 수 있는 작품으로 그의 조각 양식의 발전 과정을 살펴볼 수 있는 귀중한 작품이다.