대학종합평가인정제는 평가를 통해 대학 스스로 교육의 수월성, 책무성, 자율성, 협동성을 제고하여 교육의 질을 높이고, 국제경쟁력을 키우는 것이 목적이다.
1960년대 이후로 대학 정원 통제 정책을 이어오던 정부는 1980.7.30. 교육개혁조치를 통해 입학 정원을 130%로 확대하는 졸업정원제를 실시하였다. 그러나 교육 여건이 뒷받침되지 않은 상태에서 대학 정원의 갑작스런 증가로 인해 대학 교육의 질 관리가 시급한 과제로 대두되었다. 뿐만 아니라 국제경쟁력을 높이기 위한 대학교육의 질적 향상이 요구되면서 대학평가제도가 도입되었다.
우리나라는 1982년에 한국대학교육협의회가 설립되면서 체계적인 대학평가가 시작되었다. 한국대학교육협의회는 4년제 대학간 자율 협의체로서 회원 대학을 대상으로 대학평가를 하다가, 1984년 4월에 「한국대학교육협의회법」이 제정되면서 법정사업으로 전국대학평가를 수행하고 있다. 대학평가는 평가 대상을 기준으로 기관평가와 학과평가로 나뉘며, 개별 대학을 종합적으로 평가해 사회적 인정을 받게 하는 대학종합평가인정제는 1994년부터 시행되었다.
한국대학교육협의회의 대학평가는 대학종합평가제(19821992), 대학종합평가인정제(19942006), 대학기관평가인증제(20112020)로 진화하였다. 대학종합평가는 1982년부터 1992년까지 5년 주기로 2회 실시되었다. 제1주기의 대학평가(19821986)는 정량적 지표에 근거하여 평가되었고, 정부가 대학을 효과적으로 관리하는 데 초점을 두었다. 제2주기의 대학평가(1988~1992)는 정량적 지표와 정성적 지표에 근거한 평가가 실시되었고, 대학이 스스로의 문제점을 규명하고 개선하도록 하는 자체평가에 초점을 두었다.
1992년도부터는 대학평가제를 강화하여 대학평가인정제를 도입하였다. 학과평가인정제는 1992년, 대학종합평가인정제는 1994년부터 실시되었다. 대학종합평가인정제는 평가 결과를 사회에 공표함으로써 사회인들이 대학을 정확하게 이해할 수 있도록 하고, 대학의 자체적인 발전 노력과 사회적 책무성을 효과적으로 이행하도록 하는 데 초점을 두었다. 제1주기(19942000)의 대학종합평가인정제의 인정기간은 7년이며, 2주기 평가(20012006)는 2001년에 시작해 2006년에 종료하였다.
2009년에 한국대학교육협의회 부설로 한국대학평가원이 설립되어 대학 평가를 전담하면서 대학기관평가인증제로 명칭을 바꾸었다. 대학기관평가인증제는 2011년부터 5년 주기로 대학 평가를 실시하고 있다.
대학종합평가인정제는 대학교육의 여건 개선, 대학의 교육과정 개선, 교수의 연구활동 촉진, 대학 행정과 학사 조직의 개선, 대학간 선의의 경쟁 체제 확립 등에 기여한 것으로 평가된다. 무엇보다 대학의 자구 노력에 기여하였다는 평가를 받는다. 이러한 성과에도 불구하고, 대학의 특성화 유도, 대학의 자율성 신장, 대학의 교육여건 개선, 대학교육에 대한 학생 만족도 제고, 대학의 국제 경쟁력 강화 등이 과제로 지적되었다.