문교부가 1951년 3월 10일 「학교신체검사규정」을 제정하면서 학교가 학생의 건강검사 결과를 기록해 관리하게 되었다. 학교가 학생의 신체 질병 및 기타 결함을 발견해 예방하고, 간이치료, 건강증진, 체력향상을 도모하기 위하여 매년 신체검사를 실시하고, 그 결과를 ‘신체검사표’에 기록해 교육에 활용하도록 하였다.
이후 「학교신체검사규정」은 1999년 「학교신체검사규칙」, 2006년 「학교건강검사규칙」 등으로 명칭을 달리하면서 2020년 3월 1일 현재까지 17차례 개정되었다.
1967년 3월 30일에는 「 학교보건법」이 제정되면서 학교보건 관리 차원에서 학생의 건강검사가 실시되고, 그 기록이 관리되고 있다. 1996년 개정 「학교신체검사규정」에 의해 ‘신체검사표’는 ‘건강기록부’로 명칭이 바뀌었으며, 1999년 개정 「학교신체검사규칙」에 의해 ‘학생건강기록부’로 다시 바뀌었다. 1999년 「학생건강기록부 등 전산처리 및 관리지침」이 제정되면서 수기로 작성하던 ‘학생건강기록부’가 전산 처리되었다.
‘학생건강기록부’는 상급학교 진학 시, 그리고 전학할 때 해당 학교장에게 이관해 학생 교육의 중요한 자료로 활용되고 있다. 학생이 고등학교를 졸업할 때에는 초등학교 1학년부터 고등학교 3학년까지 12년간의 학생건강기록부 출력물을 본인 또는 보호자에게 교부하고, 전산매체에 이를 저장하여 학교에서 5년간 보존하다가 폐기한다. 그 외 학생건강검진 결과는 ‘학생건강기록부’와 별도로 학교가 보관하다가 최종 학교 단계에서 학생이 졸업하면 폐기한다.
2020년 3월 1일 현재 학생건강기록부는 2쪽 문서이다. 수록 내용은 3가지 범주로 나뉘는데 인적사항, 전염병 예방접종, 건강검사 실시 현황이다. 건강검사 실시 현황은 세부적으로 신체의 발달상황, 신체의 능력, 건강검진 현황, 별도 검사 현황 등으로 나누어 검사한다.
신체검사가 시작된 이래 학생건강기록부의 세부 항목은 몇차례 변화를 겪었다. 1951~1995년까지 ‘신체검사표’에는 체격, 체질, 체력, 구강과 병리상태, 병력, 전염병 예방접종 여부, 기생충 감염 여부, 보건환경을 기록하였으며, 초 · 중 · 고 학교 단위로 별도의 신체검사표가 기록되었다.
1996년 개정된 「학교신체검사규정」에 의한 건강기록부에는 기생충 감염 여부와 보건환경이 빠지고 보호자 이름과 가정통신란이 추가되었다. 또한, 초 · 중 · 고의 모든 건강 기록이 하나의 건강기록부에 누적되면서 분량이 3쪽에서 4쪽으로 늘어났다.
2006년 개정된 「학교건강검사규칙」에 의한 학생건강기록부에는 건강검사 중 신체의 발달상황, 신체의 능력, 건강조사 및 정신건강 상태 검사 결과만 기록하고, 건강검진은 검진기관에서 실시하며, 그 결과도 학생건강기록부와 별도로 관리하도록 하였다. 이로 인해 학생건강기록부의 분량이 4쪽에서 2쪽으로 줄어들었다.
초 · 중 · 고등학교가 학생의 건강 상태를 주기적으로 검진하고 그 결과를 학생건강기록부에 체계적으로 기록하고 관리하는 것은 학생의 건강을 보호, 증진하고, 학생의 성장을 돕는 데 기여해 왔다.
그러나 현재 유아기와 성년기의 건강검진 결과 정보는 국민건강보험공단이 관리하는 반면, 청소년기 학생의 건강검진 결과는 학교장이 정보를 관리하고 졸업 후에 폐기하는데, 생애주기별 연속적인 건강검진 정보관리가 필요하다는 주장이 제기되고 있다.