내원정사 묘법연화경은 1632년(인조 10) 용복사와 1649년(인조 27) 통도사에서 각각 간행된 목판본 불경이다. 이 불경은 『묘법연화경』 2종으로, 용복사에서 판각하여 1632년에 인출한 『묘법연화경』 7권 3책(완질)과 경상도 양산 통도사에서 1649년에 판각하여 인출한 『묘법연화경』 7권 3책(완질)이다. 이들 인쇄본은 17세기 삭령 용복사와 양산 통도사의 목판 인쇄술 역량과 더불어 당대 판화를 연구하는 데 중요한 가치가 있다.
3세기에 중국으로 건너와 역경승으로 활약한 서역승 축법호(竺法護)가 286년에 이 경전을 『정법화경(正法華經)』이란 제목으로 한역(漢譯)했지만, 5세기 초에 구마라집(鳩摩羅什, 344~413)이 한문으로 다시 번역할 때에 바르다〔正〕를 오묘하다〔妙〕라고 해석하여 『묘법연화경(妙法蓮華經)』이라 이름 붙였다. 구마라집의 번역본이 동아시아 불교계에 널리 퍼져서 제목 또한 『묘법연화경』으로 알려졌고, 이를 흔히 약칭하여 『법화경(法華經)』이라 쓰고 읽는다.
1632년(인조 10) 용복사(龍腹寺)에서 간행된 『묘법연화경』과 1649년(인조 27) 통도사(通度寺)에서 간행된 『묘법연화경』은 둘 다 7권 3책의 목판본이다. 광곽(匡郭)은 사주단변(四周單邊)으로 계선(界線)이 없는 무계(無界)이다. 반곽(半郭)의 크기는 세로 20㎝, 가로 13.8㎝(용복사본), 세로 20.5㎝, 가로 13.5㎝(통도사본)이고, 행자수(行字數)는 10행 20자이다. 책차(冊次)의 구성은 1책: 권12, 2책: 권34, 3책: 권5~7로 되어 있다. 책의 상태는 충해와 오염이 있어 소독이 필요하고, 중성지 상자에 보관할 필요가 있다.
『묘법연화경』은 대승불교에 전하는, 내용이 길고 사상적으로 돌출된 불경이다. 산스크리트어 제목은 '삿다르마 뿐다리까 수뜨라(Saddharma Puṇḍarīka Sūtra)'인데, 이를 번역하면 '올바른 법(을 가르치는) 흰 연꽃(과 같은) 경전'이라고 할 수 있다. 『묘법연화경』에서 석가는 “모든 중생이 부처가 될 수 있다. 즉 계급을 부정하고 사람들의 높낮이를 따지지 않으며, 모든 사람은 평등하다.”라고 말한다.
『묘법연화경』은 7권 28품으로 나뉘는데, 대개 권1의 앞쪽에 ' 변상도(變相圖)'가 있다. ‘변상도’ 뒤에 도선(道宣)의 「묘법연화경홍전서(妙法蓮華經弘傳序)」와 급남(及南)의 「묘법연화경요해서(妙法蓮華經要解序)」, 그리고 『묘법연화경』에 대한 계환(戒環)의 요해가 나온다. 본문에는 『묘법연화경』 원문 옆에 한 글자 내려 계환의 주(注)가 부기(附記)되어 있다.
목차는 권1 서품(序品) · 방편품(方便品)‚ 권2 비유품(譬喩品) · 신해품(信解品)‚ 권3 약초유품(藥草喩品) · 수기품(授記品) · 화성유품(化成喩品)‚ 권4 오백제자수기품(五百弟子受記品) · 수학무학인기품(授學無學人記品) · 법사품(法師品) · 견보탑품(見寶塔品) · 제파달다품(提婆達多品) · 권지품(勸持品)‚ 권5 안락행품(安樂行品) · 종지용출품(從地涌出品) · 여래수량품(如來壽量品) · 분별공덕품(分別功德品)‚ 권6 수희공덕품(隨喜功德品) · 법사공덕품(法師功德品) · 상불경보살품(常不輕菩薩品) · 여래신력품(如來神力品) · 촉루품(囑累品) · 약왕보살본사품(藥王菩薩本事品)‚ 권7 묘음보살품(妙音菩薩品) · 관세음보살보문품(觀世音菩薩普門品) · 다라니품(陀羅尼品) · 묘장엄왕본사품(妙莊嚴王本事品) · 보현보살권발품(普賢菩薩勸發品) 등 7권 28품이다.
부산광역시 서구 내원정사의 도서로서 조선 후기 17세기 삭령 용복사와 양산 통도사의 목판 인쇄술 역량과 더불어 사상적 경향을 이해하고 당대 판화를 연구할 수 있는 중요 자료라고 평가된다. 그리고 이들 인쇄본에는 조선 후기 불교 경전에 잘 나타나지 않은 구결(口訣)이 새겨져 있어 구결 연구의 중요 자료로서의 가치가 있다. 국가유산의 가치를 인정받아 2000년 12월 21일에 부산광역시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.