신라말 도선국사(道詵國師)가 말년에 은거하다가 입적했던 곳으로 알려져 있다. 고려 1181년(명종 11)에 보조국사(普照國師) 지눌(知訥, 11581210)이 창건했다고 전한다. 그 뒤의 연혁은 남아 있는 기록이 전혀 없어 알 수 없다. 임진왜란 때 전소되어 폐사되었다가 일제강점기인 1914년에 눌암(訥巖)이 중건했다. 그러나 1948년 여수·순천 10·19 사건으로 세 암자가 모두 불타 없어졌다고 한다. 그 뒤 근대의 고승인 구산수련(九山秀蓮, 19091983)이 주석하면서 1959년 상백운암을 중건하였고, 1960∼1963년에 하백운암인 백운암을 중건하였다. 현재 주지 정륜 스님이 백운사와 상백운암을 관리하고 있다. 상백운암·중백운암·하백운암이 본래부터 한 사찰이었다. 하백운암은 중수에 따라 사격이 상승하였고 다시 ‘백운암(白雲庵)’으로 부르다가 ‘백운사(白雲寺)’로 개칭되었다.