대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사(麻谷寺)의 말사이다.
652년(진덕여왕 6) 자장(慈藏)이 창건하였고, 832년(흥덕왕 7) 진산(珍山)이 중수하였으며, 1344년(충혜왕 복위 5) 중창하였다. 임진왜란 이전까지는 충청도와 경기도 지방에서 가장 큰 절 중의 하나로서, 사찰소유 토지가 광덕면 전체에 이르렀고, 89개에 달하는 부속암자가 있었다. 또한, 누각이 8개, 종각이 9개, 만장각(萬藏閣)이 80칸, 천불전(千佛殿)도 3층으로 되어 있었다고 한다.
임진왜란으로 타버린 뒤 1598년(선조 31) 희묵(熙默)이 중수하였고, 1665년(현종 6)석심(釋心)이 불상과 종을 개수하였으며, 1679년(숙종 6) 상민(尙敏)이 중창하였다. 대웅전과 천불전만이 중건된 채 1980년까지 사세가 계속 기울었다.
1981년에 대웅전과 종각 등을 신축하고 천불전도 증축하였으며, 그 앞으로 석교도 가설하였다. 1996년 철웅(哲雄)이 15년 동안의 불사를 마무리하여 대웅전 · 천불전 · 명부전 · 범종각 · 적선당 · 보화루 등을 중창하였다. 그러나 이 가운데 천불전은 1998년에 소실되었다.
1984년 충청남도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정된 천불전 안에는 천불이 그려진 후불탱화(後佛幀畵) 3점이 있어, 전체 3,000불의 그림이 장엄한 기운을 풍기고 있다. 이 탱화는 가로 28자, 세로 35자의 거대한 규모이다.
이 절에는 진산이 832년(흥덕왕 7)에 가져왔다는 불치(佛齒) 1매와 사리 10과, 승가리(僧伽梨) 1령(領)과 불좌(佛座) 1병 등을 비롯하여, 금 · 은 · 흑자로 된 『법화경』과 「금자사적기(金字寺蹟記)」 및 「세조어첩(世祖御帖)」 등의 귀중한 국가유산이 있다.
고려 말기의 사경(寫經)으로 추측되는 『금은자법화경(金銀字法華經)』은 비록 낙질본(落帙本: 한 질을 이루고 있는 책에서 권책 수가 빠진 것)이기는 하지만 여러 권이 남아 있는데, 그 중 6책이 1963년 보물로 지정되어 현재 불교중앙박물관에 소장되어 있다. 1963년 보물로 지정된 마곡사의 감지은니 묘법연화경 권1 및 감지금니 묘법연화경 권6도 원래는 이 절에 소장되어 있었던 것이다.
「금자사적기」는 다른 데서 그 유례를 찾아보기 어려운 조선시대의 작품이며, 「세조어첩」은 1457년(세조 3) 세조가 온양 온천에 왔다가 이 절의 부처님 치아와 사리를 친견한 뒤, 광덕사와 개천사(開天寺)의 부역을 면제시켜주고, 위전(位田: 위토전)을 사급(賜給)한다는 교지를 친서한 것이다.
이 절에서 동북쪽으로 조금 올라간 곳에는 진산의 부도 등 1978년 충청남도 유형문화재로 지정된 부도 4기가 있으며, 천불전 우측에는 1985년 충청남도 유형문화재로 지정된 삼층석탑이 있다. 또한, 이 절 일대에는 호도나무가 많기로 유명한데, 대웅전 앞에 있는 호도나무는 700여 년 전 유청신(柳淸臣)이 중국에서 처음 들여와 심은 것이라고 전한다.