1476년(성종 7년) 11월 7일 성종과 중전 윤씨의 적장자로 태어났다. 본관은 전주(全州)이고, 이름은 이융(李㦕)이다. 성종의 맏아들로 왕위를 계승하였다. 모후는 판봉상시사(判奉常寺事) 윤기견(尹起畎)의 딸인 폐비 윤씨(본관 함안)이다.
1483년(성종 14년) 2월 7세 때 세자로 책봉되었으며, 1488년(성종 19년) 2월 신승선(愼承善, 본관 거창)의 딸과 가례를 올렸다. 1494년(성종 25년) 12월 성종이 붕어하자 그뒤를 이어 18세의 나이로 즉위하였다. 세자로 책봉되기 전인 1482년 8월 모후 윤씨가 성종에게 사사(賜死)되었는데, 즉위한 직후인 1495년 3월(연산군 1년) 그런 사실을 알게 되었다.
연산군이 즉위하였을 무렵 형성된 중앙 정치의 중요한 변화는 삼사가 중요한 관서로 떠올랐다는 것이었다. 그런 현상은 성종 중반부터 나타났다. 성종은 세조 때부터 공신과 주요 관직을 독점하면서 강력한 세력으로 자리 잡은 훈구 대신들을 견제하기 위해 삼사를 지원하였다. 그런 후원에 힘입어 삼사는 탄핵과 간쟁을 활발히 수행하였고, 그 결과 성종 후반 삼사의 영향력은 대신을 압박할 정도로 커졌다.
국왕에 대한 간쟁이 삼사의 중요한 임무라는 것을 고려하면, 삼사가 왕권도 제약한 것은 자연스런 결과였다. 연산군은 성종 후반 조성된 이런 정치 상황을 매우 불만스럽게 생각하였다. 그의 궁극적 목표는 전제적 왕권의 구축과 행사였다. 그는 그런 목표에 저해되는 모든 발언과 행동을 ‘능상(凌上)’으로 규정하고 탄압하였다. 그 결과는 두 차례의 사화와 수많은 폭정, 그리고 강제적 폐위였다.
즉위한 직후부터 연산군은 수륙재(水陸齋)의 설행, 폐모의 추숭 등 많은 사안에서 삼사와 충돌하였다. 그동안 삼사의 탄핵에 위축된 대신들은 국왕을 옹호하였다. 이를테면 영의정 노사신(盧思愼)은 대간의 간언을 거부한 연산군의 행동을 "영주(英主)의 위엄 있는 결단"이라고 칭송하였다. 삼사는 대신을 격렬히 비판하였다. "노사신의 고기를 먹고 싶다"는 사간원 정언(정6품) 조순(趙舜)의 발언은 극단적 사례였다.
첫 번째 사화인 무오사화는 이처럼 국왕 · 대신과 삼사의 갈등이 고조되던 상황에서 일어났다. 사화는 1498년(연산군 4) 7월 11일 김일손(金馹孫)의 사초에 세조를 비판한 내용이 들어 있다는 사실이 적발되면서 시작되었다. 나흘 뒤 유자광은 김종직의 「 조의제문(弔義帝文)」이 세조에 대한 역심(逆心)을 담은 글이라고 고발하였다. 사건은 김종직과 그의 제자인 김일손 등이 세조에게 역심을 품고 불온한 문서를 작성한 음모로 규정되었고, 7월 27일 김종직을 부관참시하고 김일손 등을 처형하는 등 모두 52명을 처벌하면서 마무리되었다.
무오사화 이후 삼사가 위축되고 왕권이 강화된 것은 자연스런 결과였다. 그러나 연산군은 강화된 왕권을 국정 개혁 같은 긍정적이고 본질적인 문제가 아니라 연회 · 음행 · 사치 · 사냥 · 민가 철거 같은 부정적이고 지엽적인 사안에 소비하기 시작하였다. 국왕의 부정적인 행태가 확대되자 기존의 삼사뿐 아니라 대신들도 간언을 올리게 되었다. 이를테면, 1502년(연산군 8년) 3월 삼정승 한치형 · 성준 · 이극균은 시폐(時弊) 10조를 올려 당시의 현안과 국왕의 문제점을 지적하였다.
두 번째 사화인 갑자사화는 국왕이 점차 극단적인 폭정으로 치닫고, 대신과 삼사가 간헐적으로나마 간언을 제기하던 상황에서 일어났다. 발단의 직접적 계기는 모두 '능상'과 관련된 것이었다. 1503년(연산군 9년) 9월 인정전에서 열린 양로연에서 예조판서 이세좌가 하사 받은 술을 엎질러 국왕의 옷을 적셨고, 이듬해 3월 경기도 관찰사 홍귀달이 손녀를 입궁시키라는 명령에 따르지 않았다. 무차별적 숙청이 확산되는 데 결정적 원인으로 작용한 폐모 문제는 신하들이 선왕의 잘못된 행동을 막지 않아 현재의 국왕에게 엄청난 슬픔을 안겨준 대표적 '능상'으로 규정되었다.
갑자사화는 여러 측면에서 무오사화와 달랐다. 우선 모두 239명이라는 많은 인원이 피화되었고, 사형이 절반을 넘었다. 곧 그것은 전면적이며 가혹한 숙청이었다. 외형적으로는 대신보다 삼사가 많이 처벌되었지만, 영의정을 지낸 한명회 · 정창손 · 윤필상 · 성준 · 한치형과 좌의정을 지낸 이극균 · 어세겸 등 주요 대신이 사형이나 부관참시를 당해 대신의 피해도 컸다.
갑자사화 이후 중종반정으로 폐위되기까지 2년 반 동안 연산군의 폭정과 황음은 더욱 격화되었다. 사간원과 경연을 포함한 여러 관서와 제도를 폐지하였으며, 사냥을 위해 민가를 철거하고, 금표를 도성에서 사방 100리까지 확대하였다. 기녀인 흥청(興淸) 300명, 운평(運平) 1,000명을 선발해 연회와 음행을 즐겼다.
1506년(연산군 12) 9월 2일 반정이 일어난 것은 자연스런 결과였다. 반정은 하룻밤 만에 성공하였고, 연산군은 즉시 폐위돼 강화도 교동에 안치되었다. 9월 24일 폐세자 이황 등 4남도 사사되었다. 연산군은 11월 6일 역질로 죽었는데, 일단 교동에 안장되었다가 1512년(중종 7) 폐비 신씨의 주청에 따라 경기도 양주 해촌(海村)으로 이장되었다. 부인 신씨는 1537년(중종 32) 죽어서 같은 곳에 안장되었다.