본관은 파평(坡平). 자는 이신(而愼). 아버지는 정랑 윤홍의(尹弘毅)이다.
1627년(인조 5) 진사시에 합격하여 공릉참봉(恭陵參奉)이 되었다. 1635년에는 성균관의 이이와 성혼의 문묘종사 주장을 주도하였다. 이후 의금부도사·군자감판관·형조좌랑·호조좌랑 등을 거쳐 의성현감이 되었다.
이 무렵 허적(許積) 등 남인들에 의하여 양민을 압박하여 노비로 삼았다는 탄핵을 받아 파직되고 영평현(永平縣)으로 유배되었다. 유배에서 풀려난 뒤 호조정랑으로 다시 기용되었다.