본관은 함안(咸安). 자는 정보(靖甫). 윤구(尹遘)의 증손으로, 할아버지는 윤지청(尹之淸)이다. 아버지는 순천군수 윤세형(尹世亨)이며, 어머니는 좌참찬 어계선(魚季瑄)의 딸이다.
1583년(선조 16) 정시문과(庭試文科)에 을과로 급제하고, 1601년 호조좌랑이 되었으며, 1603년 사헌부장령이 되었다. 이듬해 종묘서령(宗廟署令)·예빈시부정 등을 역임하였다. 특히, 춘추관편수관을 겸직하여 『명종실록』편찬에 참가하였다.
이어 정언·필선을 거쳐 병조참의가 되고, 1618년(광해군 10) 부사과로서 대비(大妃)를 폐하자는 의론에 적극 참여하였다.