검찰청은 대검찰청·고등검찰청 및 지방검찰청으로 나누어지고, 각각 대법원·고등법원·지방법원 및 가정법원에 대치된다. 지방법원지원이 설치된 지역에는 지방검찰청지청이 대치되고 있다. 검찰청은 각 대응법원에 부치되어 있는 것이 아니고 대치되어 있으며, 재판기관인 법원과는 독립된 기관이다.
검찰청 및 지방검찰청지청의 관할구역은 그에 대응하는 각 법원 및 지방법원지원의 관할구역에 의한다. 그러나 검찰청의 관할구역은 법원의 관할구역과 같이 엄격한 것이 아니고, 수사상 필요가 있을 경우에는 언제든지 관할구역 이외에서 직무를 수행할 수 있다.
대검찰청에는 부 및 사무국을 두고, 고등검찰청·지방검찰청 및 서울특별시 소재 지방검찰청지청에는 사무국을 두며, 부·국에는 과를 둔다. 대검찰청의 부장은 검사장으로, 대검찰청의 사무국장은 관리관 또는 검찰이사관, 고등검찰청의 사무국장은 검찰이사관 또는 검찰부이사관으로, 지방검찰청(서울특별시 소재 지청 포함)의 사무국장은 검찰부이사관 또는 검찰수사서기관으로 보한다.
검찰청의 공무원은 검사와 검찰청 직원으로 나눌 수 있다. 검사의 직급은 장관급의 검찰총장과 차관급의 대검찰청차장검사 및 고등검찰청검사장·지방검찰청검사장·고등검찰관과 검찰관으로 구별하며, 검찰청 직원으로는 2000년 현재 관리관·검찰이사관·검찰부이사관·검찰수사서기관·검찰사무관·검찰수사사무관·마약수사사무관·검찰주사·마약수사주사·검찰주사보·마약수사보·검찰서기·마약수사서기·검찰서기보·마약수사서기보 및 별정공무원을 둔다. 그 밖에 통역관 및 기술직 공무원이 있다.
검찰사무는 검사의 직무인 범죄의 수사 및 공소권의 행사에 관한 사무로서, 검사의 임명·보직, 예산의 집행 등 검찰행정사무와 구별된다. 검찰사무의 성격은 법원의 재판사무와도 구별된다. 그러나 준사법사무로서 준사법권의 의의를 가지는 검찰권의 행사를 제도로써 독립시키는 것은 잠재적인 행정적 성격으로 미루어 인정될 수 없는 것이다.
검찰사무의 특징으로, 법은 법무부장관이 검찰사무의 최고책임자로서 국민과 국회에 대하여 책임을 지므로 검사에 대하여는 일반적인 지휘·감독권을 가지는 것은 당연하나, 구체적 사건의 수사와 기소·불기소 등 공소권의 행사에 관하여는 검찰총장만을 지휘, 감독할 수 있게 한다. 더불어 검사동일체의 원칙에 따라 모든 검사는 검찰사무에 관하여 상사의 명령에 복종하여야 할 의무를 진다.
이른바 지휘권발동의 제한이다. 검찰사무의 중립화를 위하여 대검찰청총장의 임기는 2년으로 하고 중임할 수 없으며, 퇴직 후 2년 간도 공직에 임명되거나 정당의 발기인 또는 당원이 될 수 없다.
검찰청에는 검사에 대한 인사의 공정을 기하기 위하여 법무부장관의 자문기관으로서 검찰인사위원회가 설치되어 있고, 검사의 공소권 행사의 공정을 기하고 남용을 견제하기 위하여 항고 및 재항고제도가 시행되고 있다. 즉, 검사의 불기소처분에 불복이 있는 고소인·고발인은 그 검사가 속하는 지방검찰청 또는 지청을 거쳐, 서면으로 관할 고등검찰청의 장에게 항고할 수 있다.
이 경우 지방검찰청 또는 지청의 검사는 항고가 이유있다고 인정할 때에는 그 처분을 경정하여야 하고, 항고를 기각하는 처분에 대하여는 검찰총장에게 재항고할 수 있다.
범죄수사에 있어서 사법경찰관리의 지위에 관하여, 영미법계와 대륙법계와는 차이가 있다. 영미법계에서는 범죄수사의 주도권을 사법경찰관리가 가지고 독자적으로 수사를 행하고, 검사는 주로 공소권 행사를 담당하며 양자는 직무상 상호협조의 관계에 선다. 이에 반하여 우리 법제는 대륙법계를 따라서 검사가 공소권을 독점하고 있는 동시에 범죄수사에 있어서는 사법경찰관리에 대한 지휘·감독권을 가지며, 양자는 상명하복의 관계에 있다.
즉, 범죄수사에 있어 사법경찰관은 검사의 지휘를 받아 수사를 하고, 사법경찰은 수사의 보조를 하며, 소관검사의 직무상 명령에 복종하여야 한다. 또한, 경찰서장이 아닌 경정 이하의 직무집행에 관하여 부당한 행위가 있을 때에는, 지방검찰청 검사장은 당해 사건의 수사중지를 명하며 임면권자에 임무의 교체를 요구할 수 있다.