각각 40인씩으로 조직되어 있었으며 각색군(各色軍) 가운데에서 차출, 겸임시켰다. 양 군영의 별파진 각 160인과 합쳐서 각기 하나의 부대를 편성한 것으로 보인다.
이들은 왕의 행차시에 화기(火器)를 지참하고 어가를 호위하기도 하였고, 화약고와 본영의 숙직을 담당하기도 하였다.
별파진은 1개월의 상번(上番 : 자신의 임무기간에 중앙으로 근무하러 감.) 때마다 삼베 5필(어영청) 또는 삼베 3필, 쌀 11말(금위영)의 좋은 급료를 받는 특수정예군이었는데 겸별파진은 그 예비자원으로 생각된다.