그 전신은 1915년 약학계를 중심으로 한 민간차원에서 설립된 1년제 조선약학강습소로서, 1918년에 2년제 조선약학교로 인가되었다가 1930년 「전문학교령」에 따라 3년제 경성약학전문학교로 개편된 것이다.
본과 외에 전수과·별과(別科)를 설치하고 남녀공학으로 출발하였으며, 1931년에 제1회졸업생 17명을 배출하였다. 1933년부터 여학생의 모집을 중단하여 1947년까지 경성약학전문학교의 졸업생은 일본인을 합하여 총 499명(여자 2명)이 배출되었다.
1915년의 강습소 당시부터 광복 전까지 유일한 약학교육기관으로 존립하다가 광복과 함께 사립 서울약학대학으로 개편되었으며, 이어서 1950년 서울대학교 약학대학이 발족되자 이에 통합되었다.