본관은 능성(綾城). 자는 여신(汝信). 구희경(具希璟)의 증손으로, 할아버지는 감찰 구순(具淳)이고, 아버지는 구사민(具思閔)이며, 어머니는 임극(任克)의 주1
1606년(선조 39) 주2에 을과로 급제하고, 이듬해 호조좌랑을 거쳐 정언(正言)을 역임하였다. 이때 언관(言官)으로서 소북파인 유영경(柳永慶) · 이유균(李惟均) 등과 함께 영창대군(永昌大君)을 세자로 옹립하려는 데 참여하였다.
그러나 그 뒤 선조가 죽자 대북파인 정인홍(鄭仁弘) · 이이첨(李爾瞻) 등이 추대하는 광해군이 즉위함에 따라 대간의 탄핵을 받게 되었다. 유영경은 경흥에 유배되어 사사되고, 이유균은 종성에 유배되었으며, 구헌은 오위도총부부사과(五衛都摠府副司果)의 신분으로 창성(昌城)에 주3