보건복지부와 그 소속기관 직제 제87조에 규정된 설치목적에 따라 결핵환자의 구호, 요양 등 결핵의학 및 진료기술 수준의 향상을 위하여 설립된 국립 특수의료기관이다.
1941년 조선총독부 직영 군인요양소로 설립하였던 병원을 광복 후 1946년 6월 1일 국립마산결핵요양소로 개설하였다. 그 뒤 1949년 10월 15일에는 국립중앙요양소, 1959년에는 마산결핵요양소, 1960년에는 국립마산병원, 1970년 2월에는 대통령령 제4575호에 의하여 국립마산결핵병원으로 이름을 바꾸었다.
1985년 300병상 규모의 난치성 결핵환자 병동을 증축하였고, 1991년 외래진료소와 1992년 집중치료실, 1997년 호흡클리닉을 개설하여 차별화된 진료서비스를 제공하였다. 1999년 이래 병원 홈페이지에 결핵상담실을 운영해왔다.
2002년 5월 국립마산결핵병원에서 국립마산병원으로 명칭을 변경하였으며, 같은 해 11월 임상연구소를 개설하였다. 기후·공기·물·산림대 등 요양에 필수적인 자연환경 조건을 갖추고, 약 16만 평의 부지에 8개 병동 512병상을 운영하고 있다.
연간 13만 명의 입원환자와 6,000여 명의 외래환자를 진료하고 100여 건의 폐수술을 하고 있으며, 난치성결핵관련 연구를 수행하여 연간 10여 편의 연구결과를 국내·외 학회 및 학술지에 발표하고 있다. 병원의 운영은 전액 국고로 운영되며, 환자가 부담하는 진료비는 의료보장(의료보호) 환자는 전액 무료이다.